ההבדל העיקרי בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT הוא שהפריימר האקראי הוא תערובת של כל הרצפים האפשריים של אוליגונוקלאוטידים של hexamer, בעוד שהפריימר אוליגו dT מורכב ממתיחה חד-גדילית של 12-18 deoxythymidines.
תעתוק הפוך הוא מנגנון שבו ניתן לסנתז cDNA באמצעות mRNA או כל סוג של RNA. על מנת לייצר cDNA, יש לספק אנזים טרנסקריפטאז הפוך ורכיבים נחוצים אחרים, במיוחד תבנית ופריימרים. פריימרים הם רצפי ה-DNA הקצרים שתוכננו במיוחד להגברה של רצפי המטרה. פריימרים אקראיים ופריימרים אוליגו dT הם שני סוגים נפוצים של פריימרים המשמשים בשעתוק הפוך.לכן, פריימר אקראי או primer oligo dT הם רצפי אוליגונוקלאוטידים קצרים של DNA הנדרשים לתעתיק הפוך כדי להתחיל שעתוק הפוך. בהתאם לתבנית ה-RNA, ניתן לבחור את הפריימר המתאים מבין שני סוגי הפריימר הללו.
מהם פריימרים אקראיים?
פריימר אקראי הוא תערובת של אוליגונוקלאוטידים המייצגים את כל רצפי ההקסאמר האפשריים. רצף פריימר של פריימר אקראי הוא 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T או C. לכן, ניתן להשתמש בפריימרים אקראיים להגברה של DNA חד-גדילי או RNA על ידי DNA פולימראז או טרנסקריפטאז הפוך, בהתאמה. חוץ מזה, תערובת פריימר אקראית מסוגלת להגביר את כל אזורי ה-RNA ליצירת cDNA. לפיכך, הוא מייצר אורכים שונים של cDNA.
איור 01: Primers אקראיים
והכי חשוב, תערובת הפריימר האקראית אינה מראה ספציפיות של תבנית. הוא אינו מסוגל להבחין בין mRNA לבין מיני RNA אחרים. וכן, הוא מחשל עם כל מיני RNA בדגימה. עם זאת, תערובת פריימר אקראית מתאימה לשעתוק הפוך של RNAs ללא זנבות פולי(A), כגון rRNA, tRNA, RNAs לא מקודדים, RNAs קטנים, mRNA פרוקריוטיים וכו', RNA מושפל ו-RNA עם מבנים משניים ידועים.
מהו Oligo dT?
פריימר Oligo dT הוא מתיחה של 12 - 18 deoxythymine (dT). ניתן לייצג את רצף הפריימר כ-5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. הוא משמש לייצור cDNA מ-mRNA המכיל זנב פולי(A). בעיקרון, הוא פועל כפריימר לתגובה המזרזת על ידי תעתיק הפוך. במהלך השעתוק ההפוך, primer oligo dT מתפתל עם הזנב הפולי-אדנילי שנמצא בקצה ה-3 של רוב ה-mRNA האוקריוטיים ומתחיל את התהליך.
איור 02: תמלול הפוך באמצעות Oligo dT Primer
בניגוד לפריימר אקראי, פריימר oligo dT אינו מתאים ל-RNA או RNA מושפל שאין להם זנבות פולי(A), כולל RNA פרוקריוטי ומיקרו-RNA.
מהם הדמיון בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT?
- פריימר אקראי ופרימר אוליגו dT הם שני סוגים של פריימרים המשמשים בתעתיק לאחור ויצירת cDNA.
- שימוש בפריימר האקראי ובפריימר oligo dT ביחד מגביר את הרגישות של סינתזת cDNA.
- הם רצפי נוקלאוטידים קצרים חד-גדיליים.
מה ההבדל בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT?
פריימר אקראי הוא רצף אוליגונוקלאוטידים קצר המורכב מרצף אקראי.בינתיים, פריימר oligo dT הוא גדיל קצר המורכב מ-12 עד 18 deoxythymidines. אז זה ההבדל העיקרי בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT. הרצף של פריימר אקראי הוא 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T או C. בעוד שרצף הפריימר של אוליגו dT הוא 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. לכן, אנו יכולים להתייחס לזה כהבדל נוסף בין פריימרים אקראיים לבין oligo dT.
יתרה מכך, פריימרים אקראיים אינם מראים ספציפיות תבנית, והם מתחלפים עם כל סוג של RNA, בעוד שפריימרים של אוליגו dT מראים ספציפיות עבור זנבות פולי(A) של mRNA אוקריוטי.
האינפוגרפיקה למטה מסכמת את ההבדל בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT.
סיכום - פריימרים אקראיים לעומת אוליגו dT
פריימר אקראי ופרימר אוליגו dT הם שני סוגים של פריימרים המשמשים בסינתזה של cDNA.פריימר אקראי מורכב מתערובת של אוליגונוקלאוטידים, המייצגים את כל רצפי ההקסאמר האפשריים, בעוד שפריימר oligo dT הוא רצף חד-גדילי של 12 עד 18 דיאוקסיתימידינים. אז זה ההבדל העיקרי בין פריימרים אקראיים לאוליגו dT. חוץ מזה, פריימרים oligo dT שימושיים לשעתוק הפוך באורך מלא של RNA עם זנב פולי(A), בעוד שפריימרים אקראיים שימושיים לתעתוק הפוך של רוב מיני ה-RNA, כולל RNA מושפל, RNA חסר זנבות פולי(A) ו-RNA המכיל RNA. מבנים משניים. לכן, הפריימר האקראי אינו מראה ספציפיות תבנית בעוד שפריימר oligo dT מראה ספציפיות כלפי mRNA אוקריוטי המכיל זנב פולי(A).
