ההבדל העיקרי בין dNTP ל-ddNTP הוא ש-dNTP או deoxyribonucleotides הם אבני הבניין של DNA ויש להם קבוצת 3ʹ-OH על מבנה הסוכר פנטוז בעוד ש-ddNTP או dideoxynucleoside triphosphates הם נוקלאוטידים חסרי קבוצת 3ʹ-OH והם משמשים בטכניקת רצף DNA דידיאוקסי של Sanger כדי לייצר רצפי DNA באורך שונה.
dNTP ו-ddNTP הם נוקלאוטידים. dNTP מתייחס לנוקלאוטידים של deoxyribose. הם אבני הבניין של ה-DNA. dNTPs משמשים לסינתזה של DNA. dNTP, לעומת זאת, מתייחס לטריפוספטים של dideoxynucleoside. הם משמשים ברצף Sanger כדי להפסיק סינתזת DNA באורכים שונים.חסרה להם קבוצת OH במיקום 3'. מימן קיים בעמדה 3' במקום קבוצת OH. לכן, ddNTPs אינם מסוגלים ליצור קשר פוספודיסטר עם הנוקלאוטיד הבא. dNTP מסוגל לבצע סינתזה של DNA, בעוד ש-ddNTP מסוגל להפסיק את הפילמור של DNA.
מה זה dNTP?
dNTP מייצג deoxyribose nucleotide או deoxyribonucleotide. זה אבן הבניין של ה-DNA. ישנם ארבעה סוגים של dNTPs. הם dATP, dTTP, dCTP ו-dGTP. הם נקראים על פי הבסיסים החנקניים פורין או פירמידין: אדנין (A), גואנין (G), תימין (T) וציטוזין (C).
איור 01: dNTP
אדנין וגואנין הם בסיסים פורין ואילו תימין וציטוזין הם בסיסי פירמידין. סוכר הפנטוז של dNTP הוא דאוקסיריבוז.יש גם קבוצת פוספטים. לכן, dNTP מורכב משלושה מרכיבים: בסיס חנקני, סוכר דאוקסיריבוז וקבוצת פוספט. dNTPs אלה מתחברים אחד עם השני באמצעות קשרי פוספודיסטר. ב-dNTPs, ישנה קבוצת OH המחוברת לעמדה 3' של סוכר פנטוז שנדרשת כדי ליצור קישור עם קבוצת הפוספטים המחוברת לפחמן 5' של הסוכר של הנוקלאוטיד הבא. מכיוון שלכל ה-dNTPs יש קבוצת 3' -OH זו, הם מסוגלים לסנתז ולהאריך גדילי DNA. לפיכך, dNTP פועל כיחידה החוזרת הבסיסית של DNA וחומר כימי של גנים. הסינתזה של DNA תמיד ממשיכה מ-5ʹ ל-3ʹ.
מה זה DdNTP?
סנג'ר רצף היא שיטת רצף DNA מהדור הראשון שפותחה על ידי פרדריק סנגר והמכללות שלו בשנת 1977. היא ידועה גם בשם Chain Termination Sequencing או Dideoxy sequencing שכן העיקרון הבסיסי של שיטה זו הוא סיום השרשרת באמצעות טריפוספטים dideoxynucleoside (ddNTPs). ddNTPs הם נוקלאוטידים המשמשים ברצף Sanger.רצף Sanger מבוסס על שילוב סלקטיבי של ddNTPs והפסקת סינתזת ה-DNA במהלך שכפול ה-DNA במבחנה. המומחיות של ה-ddNTPs היא שחסרה להם קבוצת 3'-OH בסוכר הפנטוז כדי להמשיך ביצירת קשר פוספודיסטר בין קבוצת הפוספטים של 5' בנוקלאוטיד הסמוך. לפיכך, ברגע ש-ddNTP מחובר לגדיל המתארך, התארכות השרשרת נפסקת ומסתיימת מאותה נקודה. ddNTPs פועלים כמעכבים מאריכים שרשרת של DNA פולימראז במהלך שיטת הרצף של Sanger.
איור 02: ddNTP
ישנם ארבעה ddNTPs: ddATP, ddCTP, ddGTP ו-ddTTP בשימוש ברצף Sanger. נוקלאוטידים אלה עוצרים את תהליך שכפול ה-DNA כאשר הם משולבים בגדיל ה-DNA הגדל. כתוצאה מכך, רצף Sanger מייצר אורכים משתנים של DNA קצר.אלקטרופורזה של ג'ל נימי משמשת לארגון גדילי DNA קצרים אלה לפי גדלים שלהם על ג'ל. ddNTPs מסומנים באופן רדיואקטיבי או פלואורסצנטי בצבעים שונים כדי להקל על ניתוח רצף ה-DNA. על ידי ניתוח הג'ל, ניתן לקבוע את רצף הנוקלאוטידים של גדיל ה-DNA הלא ידוע.
מה הם קווי הדמיון בין dNTP ל-DdNTP?
- גם dNTP וגם ddNTP משמשים ברצף Sanger.
- ישנם ארבעה סוגים של dNTPs ו-ddNTPs.
- הם מורכבים משלושה מרכיבים: בסיס חנקני, סוכר דאוקסיריבוז וקבוצות פוספט.
מה ההבדל בין dNTP ל-DdNTP?
dNTP הוא אחד מארבעת הסוגים של deoxyribonucleotides שהם אבני בניין של DNA. ddNTP הוא אחד מארבעת הסוגים של טריפוספטים dideoxyribonucleoside המשמשים בטכניקת רצף Sanger. ל-dNTP יש קבוצת 3'-OH בסוכר הפנטוז ואילו ל-ddNTP חסרה קבוצת 3'-OH בסוכר הפנטוז.לפיכך, זהו ההבדל העיקרי בין dNTP ל-ddNTP. יתר על כן, dNTPs מבצעים פילמור DNA בעוד ddNTPs מפסיקים פילמור DNA. לפיכך, זהו הבדל גדול נוסף בין dNTP ל-ddNTP.
האינפוגרפיקה שלהלן מפרטת את ההבדלים בין dNTP ל-ddNTP בצורה טבלה.
סיכום – dNTP לעומת DdNTP
dNTPs רגילים הם אבני בניין של DNA בעוד ש-ddNTPs הם נוקלאוטידים המשמשים בטכניקת רצף Sanger. ל-dNTP יש 3ʹ-OH בעוד ל-ddNTP חסר 3ʹ-OH. לפיכך, זהו ההבדל העיקרי בין dNTP ל-ddNTP. יתר על כן, dNTP יכול לסנתז גדיל DNA בעוד ש-ddNTP יכול לסיים את פילמור ה-DNA. לכן, ddNTPs משמשים ברצף Sanger על מנת לייצר גדילי DNA שונים באורכים משתנים. במהלך רצף Sanger, גם dNTP וגם ddNTP כלולים.
