ההבדל העיקרי בין NGS ל-WGS הוא שרצף הדור הבא (NGS) הוא טכנולוגיית רצף מקבילה מסיבית של הדור השני שתפוקה גבוהה, עלות נמוכה ומהירה, בעוד שרצף גנום שלם (WGS) הוא שיטה מקיפה לניתוח ה-DNA הגנומי כולו של תא בבת אחת על ידי שימוש בטכניקות רצף כגון רצף Sanger, גישת רובה ציד או רצף NGS בתפוקה גבוהה.
בעשורים האחרונים, ההבנה של הגנום של בני אדם ובעלי חיים אחרים גדלה באופן מסיבי עקב גילוי של טכניקות רצף מהירות וכלים ביואינפורמטיקה. לטכניקות רצף קונבנציונליות כמו רצף Sanger היו מגבלות, אשר קראו לפיתוח שיטות רצף מהירות חדשות כגון רצף הדור הבא (NGS) ורצף ננופורי.טכניקת ריצוף גנום שלם (WGS) היא גישה עדכנית שכבר נעשה בה שימוש בפרויקטי מחקר גנומיים רבים, כגון פרויקט גנומי 100,000 על ידי Genomic England, בריטניה. אז, NGS ו-WGS הן שתי שיטות רצף המשולבות כעת בפרויקטים גנומיים רבים.
מה זה NGS?
NGS (רצף הדור הבא) היא טכנולוגיית רצף של הדור השני מקבילה מאוד, בעלת תפוקה גבוהה, עלות נמוכה ומהירה. אין הגדרה מדויקת לרצף הדור הבא. אבל אנחנו יכולים להבחין בבירור מטכניקות רצף קונבנציונליות מבוססות נימים. רצף הדור הבא מאפשר רצף של מולקולת DNA עם גודל כולל גדול ממיליון זוגות בסיסים בניסוי בודד. הוא מציע מהירות חסרת תקדים ואפשרויות תפוקה גבוהות, כמו מתן אפשרות לרצף של DNA של מספר פרטים בו זמנית. זה מושג על ידי מזעור הנפח של תגובות רצף בודדות. יתר על כן, זה גם מגביל את גודל המכשירים וממזער את העלות של ריאגנטים לכל תגובה.
איור 01: NGS Platforms
NGS היא שיטת רצף לקריאה קצרה שכבר חוללה מהפכה בתחום המחקר הביולוגי. יתר על כן, NGS מיושם בתחומים שונים כמו ריצוף גנום דה נובו, רצף גנום שלם, ניתוח תעתיקים, רצף RNA קטן ומיקרו RNA, ריצוף ממוקד וריצוף אקסום שלם.
מה זה WGS?
WGS (רצף גנום שלם) היא שיטה מקיפה לניתוח ה-DNA הגנומי כולו של תא בבת אחת על ידי שימוש בטכניקות רצף כגון רצף Sanger, גישת רובה ציד או רצף NGS בתפוקה גבוהה. זה ידוע גם בתור רצף גנום מלא או רצף גנום מלא. רצף גנום שלם כרוך ברצף של כל ה-DNA הכרומוזומלי של האורגניזם, כמו גם ה-DNA במיטוכונדריה, ועבור צמחים, ה-DNA בכלורופלסט בפעם אחת. WGS מאפשרת למדענים לקרוא את הרצף המדויק של כל האותיות המרכיבות את הסט השלם של ה-DNA. WGS המשתמשת בפלטפורמת NGS צפויה לחולל מהפכה במערך הקליני.
איור 02: WGS לעומת רצף רובה ציד היררכי
ריצוף גנום שלם הוצג לטיפול הקליני בשנת 2014. יתר על כן, היישום של WGS כולל ריצוף גנים ברמת SNP כדי לאתר וריאנטים תפקודיים במחקרי אסוציאציות, התערבות טיפולית ברפואה מותאמת אישית, ביולוגיה אבולוציונית, ניתוח גנומי השוואתי, מחקרי מוטציות וסידורים מחדש, מחקרי אסוציאציות של וריאנטים נדירים, וחיזוי רגישות למחלה ותגובה לתרופות.
מהם הדמיון בין NGS ל-WGS?
- NGS ו-WGS הן שתי טכניקות רצף.
- שתי הטכניקות או רצף DNA או RNA.
- טכניקות אלו חדשות ואמינות.
- שניהם משמשים לאבחון מחלות וגילוי תרופות.
מה ההבדל בין NGS ל-WGS?
NGS היא טכנולוגיית רצף מקבילה מסיבית של דור שני, בעלת תפוקה גבוהה, עלות נמוכה ומהירה, בעוד ש-WGS היא שיטה מקיפה לניתוח ה-DNA הגנומי כולו של תא בבת אחת על ידי שימוש בטכניקות רצף כגון כמו רצף Sanger, גישת רובה ציד או רצף NGS בתפוקה גבוהה. אז זה ההבדל העיקרי בין NGS ל-WGS. יתר על כן, NGS מורכב רק משיטות רצף מהדור השני בעוד ש-WGS מורכב משיטות רצף מהדור הראשון, השני והשלישי.
הטבלה הבאה מציגה את ההבדלים בין לבין NGS ו-WGS בצורה טבלה להשוואה זו לצד זו.
סיכום – NGS לעומת WGS
בעשורים האחרונים, טכניקות רצף שונות יושמו באופן שגרתי במחקר מולקולרי עכשווי. ואפילו הם כלים חזקים מאוד עבור יישומים קליניים רבים. NGS ו-WGS הן שתי שיטות רצף המשולבות כיום בפרויקטים גנומיים רבים. NGS היא טכנולוגיית רצף דור שני בעלת תפוקה גבוהה, עלות נמוכה ומהירה. מצד שני, WGS היא שיטה לניתוח ה-DNA הגנומי כולו או ה-DNA הגנומי המלא של תא בזמן אחד על ידי שימוש בטכניקות רצף כגון רצף Sanger, גישת רובה ציד או רצף NGS בתפוקה גבוהה. אז זה הסיכום של ההבדל בין NGS ל-WGS.
