ההבדל העיקרי בין פרוטאומיקה ממוקדת לבלתי ממוקדת הוא שהפרוטאומיקה הממוקדת מכוונת למדוד את השפע של חלבון ספציפי בעוד שפרוטאומיקה לא ממוקדת אינה מכוונת לחלבון ספציפי.
Proteomics הוא מחקר רחב היקף של חלבונים, המבנים והתפקודים שלהם. הוא חוקר את כל משלים החלבון בתא, רקמה או אורגניזם בתנאים ספציפיים. ישנם שני סוגים של פרוטאומיקה כמו פרוטאומיקה ממוקדת ופרוטאומיקה לא ממוקדת.
מהי פרוטאומיקה ממוקדת?
כפי ששמו מעיד, פרוטאומיקה ממוקדת מכוונת לחלבון ספציפי או לפפטיד בתערובת מורכבת של חלבונים לצורך ניתוח.לאחר מכן הוא מנתח את הנוכחות והכמות של אותו חלבון ספציפי שנבחר מראש. שיטה זו אפשרית עבור מדגם אחד בלבד או על פני מספר דוגמאות. שיטה זו מתאימה אפילו לקבוצה מסוימת של חלבונים. זה מביא לנתונים מדויקים, כמותיים ורגישים יותר. יתר על כן, ספקטרומטריית מסה בשילוב עם פרוטאומיקה ממוקדת מייצרת מדידות אמינות מדויקות יותר. שיטה זו משתמשת בספקטרומטר מסה משולש קוואדרופול (QQQ) לניתוח שלה.
איור 01: Proteomics
פרוטאומיקה ממוקדת היא שיטה מתאימה אם ברצונך לוודא אם מטרת נוק-דאון אכן הופלה או כאשר ברצונך לכמת חלבון/פפטיד מסוים בסרום הדם, נוזל המוח או בליזט התא וכו'. השתמש בו אם אתה רוצה לבדוק אם חלבון מסוים מתבטא בצורה דיפרנציאלית על פני דגימות או במהלך ניסוי של קורס זמן.
מהי פרוטאומיקה לא ממוקדת?
פרוטאומיקה לא ממוקדת, כפי שהשם מזכיר, אינה מכוונת לחלבון או פפטיד ספציפיים לניתוח שלה. Discovery proteomics הוא שם נוסף ל-Untargeted proteomics. למעשה, זה ניתוח יותר 'עולמי'. בדרך כלל, ביצוע פרוטאומיקה לא ממוקד היא לענות על השאלה "איזה חלבון או חלבונים יש בדגימה זו או בדגימות מרובות?". שיטה זו אינה רגישה כפרוטאומיקה ממוקדת. אבל זה יכול לזהות ולמדוד חלבונים רבים כולל חלבונים חדשים. פרוטאומיקה לא ממוקדת יכולה לייצר מדידות כמותיות ואיכותיות כאחד.
מהם הדמיון בין פרוטאומיקה ממוקדת ובלתי ממוקדת?
- פרוטאומיקה ממוקדת וגם לא ממוקדת מודדת חלבונים בדגימות.
- הם חשובים בניתוח פרוטאומים.
- שיטות אלו משתמשות בספקטרומטריית מסה.
מה ההבדל בין פרוטאומיקה ממוקדת לבלתי ממוקדת?
ראשית, פרוטאומיקה ממוקדת היא קביעת הנוכחות והכמות של חלבון או פפטיד מסוים בתערובת מורכבת של חלבונים. לעומת זאת, פרוטאומיקה לא ממוקדת היא המחקר הכמותי והאיכותי של חלבונים הנמצאים בדגימה או בדגימות מבלי להתמקד בחלבון מסוים. פרוטאומיקה ממוקדת מתבצעת עם חלבונים שנבחרו מראש או ממוקדים ואילו פרוטאומיקה לא ממוקדת מתבצעת כדי לגלות את סוגי החלבונים בדגימה זו. יתרה מכך, פרוטאומיקה ממוקדת רגישה יותר מפרוטאומיקה לא ממוקדת.
סיכום – פרוטאומיקה ממוקדת מול לא ממוקדת
לסיכום, פרוטאומיקה ממוקדת ולא ממוקדת הם שני סוגים של מחקרי חלבון. כפי ששמותיהם מרמזים, פרוטאומיקה ממוקדת מכוונת לחלבון ספציפי בעוד שפרוטאומיקה לא ממוקדת אינה מכוונת לחלבון ספציפי.זה ההבדל בין פרוטאומיקה ממוקדת לבלתי ממוקדת.
