ההבדל העיקרי בין רצף משומר לרצף קונצנזוס הוא שרצף משומר מתייחס לרצפים דומים של חומצות גרעין או חומצות אמינו המופיעות במינים שונים או זהים לאורך דורות בעוד שרצף הקונצנזוס הוא רצף נוקלאוטידים או רצף חומצות אמינו נפוץ. באזור שמור מאוד של DNA או RNA או חלבון.
לאורגניזמים יש מאפיינים דומים וגם שונים. כאשר לומדים את היחסים בין אורגניזמים ומסווגם, הגנום או ההרכב הגנטי של אורגניזמים חשובים מאוד. ישנם כמה רצפי נוקלאוטידים או חומצות אמינו הנפוצים בקרב אורגניזמים שונים.רצף שמור הוא רצף של חומצת גרעין או חומצות אמינו אשר עקבי בין מינים. לכן, הם חשובים מבחינה פילוגנטית בעת יצירת עצים פילוגנטיים. ברצפים שמורים, ישנם רצפי נוקלאוטידים ספציפיים שנמצאים בדרך כלל יותר. הם ידועים כרצפי קונצנזוס.
מהו רצף שמור?
רצף שמור הוא רצף חומצות גרעין או רצף חומצות אמינו הדומה בין המינים. לכן, זה עקבי בכל המינים לאורך האבולוציה. בדרך כלל, רצפים אלה נשמרים על ידי ברירה טבעית. הם נשארים ללא שינוי הרחק במעלה העץ הפילוגנטי. לפיכך, רצפים שמורים חשובים בבניית עצים פילוגנטיים. מאמינים שלרצפים שמורים מאוד יש לרוב ערך תפקודי חשוב. הם שימושיים גם בזיהוי מחלות גנטיות. עם זאת, רצפים שמורים עשויים להיות רצפי חומצות גרעין מקודדות או לא. בנוסף, רצפים שמורים מראים שיעורי מוטציה איטיים יותר.לפיכך, הם מראים שינויים מינימליים מאוד בהרכבם; לפעמים, הם לא מציגים שינויים לאורך הדורות.
איור 01: רצף שמור
רכיבי RNA של ריבוזומים קיימים בכל תחומי החיים, רצפי ההומיאובוקס באיקריוטים וה-tmRNA בחיידקים הם מספר דוגמאות לרצפים שמורים מאוד. זיהוי רצפים שמורים קל כאשר משתמשים בגישות ביואינפורמטיקה, במיוחד בכלי יישור הרצפים. יתר על כן, יישור רצף מרובה מקל על ההדמיה של רצפים שמורים.
מהו רצף קונצנזוס?
רצף קונצנזוס הוא רצף שנמצא בדרך כלל באזור שמור נתון של DNA או RNA. זהו רצף נוקלאוטידים מאוד ספציפי.כדוגמה, יש רצף קונצנזוס ב-10 כ-TATAAT (Pribnow box) במקדמי E. coli, שהם רצפים שמורים מאוד. באופן דומה, יש עוד רצף קונצנזוס: TTGACA במקדמי E. coli גם ב-35. רצפי קונצנזוס ידועים גם בתור "קופסאות".
איור 02: רצף קונצנזוס
בנוסף ל-DNA ול-RNA, לחלבונים יש גם רצפי קונצנזוס של חומצות אמינו. אתרי קשירת חלבון מיוצגים לעתים קרובות על ידי רצפי קונצנזוס. לאנזימי הגבלה יש גם רצפי קונצנזוס. יתר על כן, אתרי שחבור הם גם רצפי קונצנזוס. בדומה לרצפים שנשמרו, ניתן לחשב ולהמחיש רצפי קונצנזוס באמצעות כלי ביואינפורמטיקה.
מהם הדמיון בין רצף שמור לרצף קונצנזוס?
- רצפי שמורים וקונצנזוס הם רצפים של חומצות גרעין או חומצות אמינו הנפוצות בין המינים.
- ניתן להמחיש גם רצפים שנשמרו וגם קונצנזוס באמצעות כלי ביואינפורמטיקה.
- הם נמצאים בשימוש נרחב בביולוגיה מולקולרית.
מה ההבדל בין רצף נשמר לקונצנזוס?
הרצף השמור הוא רצף של חומצות גרעין או חומצות אמינו העקבי בין מינים בעוד שרצפי הסכמה הם מאוד ספציפיים ונפוצים בבסיסים או חומצות אמינו באזור שמור נתון. אז זה ההבדל העיקרי בין רצף משומר לקונצנזוס. יתרה מכך, הבדל נוסף בין רצף משומר לקונצנזוס הוא שהרצפים המשומרים חשובים מבחינה פילוגנטית בעוד שרצפי הסכמה הם לרוב אתרי קשירה לחלבונים, אתרי שחבור, אתרי חיתוך אנזים הגבלה וכו'.
סיכום – רצף שמור לעומת קונצנזוס
רצפים שמורים הם רצפים של חומצות גרעין או חלבונים הדומים בין מינים חיים. פרומוטור, אתר קישור לריבוזום, מקור שכפול ורצף חומצות אמינו של חלבון היסטון הם מספר דוגמאות לרצפים שמורים. לעומת זאת, רצפי קונצנזוס הם בסיסים או חומצות אמינו ספציפיות שנמצאות לרוב ברצף שמור נתון. -10 קופסאות, -35 קופסאות של מקדם E. coli, אתרי קשירת חלבון, אתרי שחבור ואנזימי הגבלה המזהים אתרים הם מספר דוגמאות לרצפי קונצנזוס. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין רצף משומר לקונצנזוס.
