ההבדל העיקרי בין דמיון לזהות ביישור רצף הוא שדמיון הוא הדמיון (הדמיון) בין שני רצפים בהשוואה בעוד שזהות היא מספר התווים התואמים בדיוק בין שני רצפים שונים.
ביואינפורמטיקה הוא תחום מדע בין-תחומי העוסק בעיקר בביולוגיה מולקולרית וגנטיקה, מדעי המחשב, מתמטיקה וסטטיסטיקה. יישור רצף הוא מונח מרכזי בביואינפורמטיקה. זהו ההליך שבו מסודרים רצפי ה-DNA, ה-RNA או החלבון כדי לזהות אזורי דמיון שהוא תוצאה של מערכת יחסים פונקציונלית, מבנית או אבולוציונית בין הרצפים.בסוף היישור, הם יוצגו כשורות בתוך מטריצה. על מנת ליישר את התווים הזהים בקולומים עוקבים, קיימים פערים מוכנסים בין השאריות.
מהו דמיון?
דמיון ביישור רצף הוא הדמיון בין שני רצפים בהשוואה. עובדה זו תלויה בזהות הרצפים. דמיון מתאר את המידה שבה השרידים מיושרים. לפיכך, רצפים דומים מכילים מאפיינים דומים. בביואינפורמטיקה, דמיון הוא כלי להערכת הדמיון בין שני חלבונים.
איור 01: דמיון ביישור רצף
יש שני שלבים עיקריים לרצף תהליך היישור. השלב הראשוני הוא יישור זוג, שעוזר למצוא את היישור האופטימלי בין שני רצפים (כולל פערים) באמצעות אלגוריתמים כמו BLAST, FastA ו-LALIGN.אלגוריתם ההתאמה מוצא את המספר המינימלי של פעולות עריכה; in-dels והחלפות על מנת ליישר רצף אחד לרצף השני. לאחר יישור זוג, יש צורך לקבל שני פרמטרים כמותיים מכל השוואה זוג. הם זהות ודמיון.
מהי זהות?
זהות ביישור רצף הוא מספר התווים התואמים בדיוק בין שני רצפים שונים. לפיכך, פערים אינם נחשבים בעת הערכת זהות. המדידה נחשבת כקשורה לרצף הקצר יותר מבין שני הרצפים. זה מרמז באופן משמעותי שיש לו את ההשפעה כאשר זהות הרצף אינה טרנזיטיבית. אם X=Y ו-Y=Z, אז X לא בהכרח שווה ל-Z. זה מושק במונחים של מידת מרחק הזהות.
איור 02: יישור זהות ברצף
לדוגמה, ל-X יש רצף של AAGGCTT, ל-Y יש רצף של AAGGC ול-Z יש רצף של AAGGCAT. הזהות בין X ו-Y היא 100% {5 נוקלאוטידים זהים/דקה[אורך(X), אורך(Y)]}. הזהות בין Y ו-Z היא גם 100%. אבל הזהות בין X ל-Z היא רק 85% {(6 נוקלאוטידים זהים / 7)}.
מהם הדמיון בין דמיון לזהות ביישור רצף?
- גם דמיון וגם זהות הם שני מונחים שבהם אנו משתמשים ביישור רצף.
- כמו כן, הם מתייחסים לדמיון בין שני הרצפים.
- יתר על כן, אנו מבטאים אותם כערך אחוז.
מה ההבדל בין דמיון לזהות ביישור רצף?
דמיון ביישור מראה את הדמיון בין שני רצפים בהשוואה בעוד שזהות ביישור רצף מראה את כמות התווים התואמים בדיוק בין שני רצפים שונים.לכן, זהו ההבדל העיקרי בין דמיון וזהות ביישור רצף.
סיכום – דמיון לעומת זהות ביישור רצף
יישור רצף עוזר לזהות אזורי דמיון ב-DNA, RNA או חלבון כתוצאה מקשר פונקציונלי, מבני או אבולוציוני בין הרצפים. לפיכך, דמיון וזהות הם שני מונחי מפתח בהקשר של יישור רצף. ההבדל העיקרי בין שני המונחים הללו הוא שדמיון הוא הדמיון בין שני רצפים בהשוואה בעוד שזהות היא מספר התווים התואמים בדיוק בין שני רצפים שונים. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין דמיון לזהות ביישור רצף.
