ההבדל העיקרי בין רצף רובה ציד היררכי לגנום שלם הוא שברצף רובה ציד היררכי, הגנום מפורק לשברים גדולים יותר לפני הרצף, בעוד שברצף רובה ציד של הגנום כולו, הגנום כולו מפורק לשברים קטנים לצורך רצף.
ריצוף היא טכניקה חשובה בתהליכים מולקולריים, במיוחד בזיהוי מדויק של מינים. למעשה, זוהי הטכניקה של זיהוי הסדר המדויק של נוקלאוטידים בגן או בגנום. ישנן טכניקות רבות לביצוע רצף. חלקם כוללים את שיטת מקסאם גילברט, שיטת סנגר ושיטת סנגר אוטומטית.
מהו רצף רובה ציד היררכי?
רצף רובה ציד הירארכי הוא שיטת רצף אחת. זה נקרא גם 'רצף מלמעלה למטה'. יתרה מכך, שיטה זו מורכבת משני שלבים: השלב הראשון הוא הגברה של הגנום, והשלב השני הוא פיצול הגנום. בשיטה זו, הגנום גזוז לשברים גדולים תחילה. אחריו שיבוט של מקטעים גדולים אלה למארחים שונים באמצעות וקטורים או כרומוזומים מלאכותיים. לאחר מכן, הוקטורים הרקומביננטיים הללו מסודרים בספרייה. במהלך רצף רובה הציד, שיבוטי הווקטור הרקומביננטיים עוברים רצף בנפרד. השברים בשיבוטים עוברים עיכול מוגבל כדי להקטין עוד יותר את גודל הגנום, ובכך עוברים רצף.
איור 01: רצף רובה ציד היררכי
במהלך רצף רובה ציד היררכי, יש לסדר את החתיכות הגדולות של השברים לפי הסדר, לפני רצף רובה הציד. הוא מתרחש בעזרת הסמנים המולקולריים המשולבים בתהליך השיבוט.
רצף רובה ציד היררכי יוצר מפת גנים ברזולוציה נמוכה. אבל זה יוצר מפת רצף מסודרת. לפיכך, זה לוקח זמן ארוך יותר מאשר רצף ישיר. כל התהליך מתעכב עקב יצירת ספריית וקטור רקומביננטית. האם זו גם טכניקה עתירת עבודה. עם זאת, נכון לעכשיו, הטכניקה היא אוטומטית כדי להקל על העבודה.
מהו רצף רובה ציד של הגנום השלם?
ריצוף של רובה ציד של הגנום השלם הוא תהליך רצף שלב אחד. בתהליך זה מתרחשת תחילה גזירת הגנום כולו. בעקבות זאת, כל אחד מהקטעים הקטנים הללו עובר רצף אקראי. עם השלמת הרצף, מתבצע ניתוח הרצפים.במהלך ניתוח רצף, הרצפים החופפים מוסרים, והניתוח אינו תהליך מסודר. לכן, הרכבת הרצפים היא תהליך פחות יעיל בהשוואה לרצף רובה ציד היררכי. עם זאת, התהליך של רצף רובה ציד של הגנום השלם הוא מהיר יותר, וניתוח הגנום כולו יכול להתבצע במופע בודד.
מהם הדמיון בין רצף רובה ציד היררכי לגנום שלם?
- רצף רובה ציד היררכי וכל הגנום הן שתי גישות רצף.
- שניהם עוברים רצף Sanger או שיטות אוטומטיות של Sanger.
- הם מעורבים ברצף של קטעי DNA ו-RNA.
- יתר על כן, שתי השיטות חשובות באבחון מולקולרי ובמטרות מחקר.
- כיום, שתי הטכניקות הן אוטומטיות או מבוססות מחשב.
- שתי הטכניקות מסתמכות על פיצול הגנום.
מה ההבדל בין רצף רובה ציד היררכי לגנום שלם?
רצף רובה ציד היררכי יוצר קטעים בגודל גדול יותר בהשוואה לרצף רובה ציד שלם, שעובד עם קטעים קטנים של רצפים. אז זה ההבדל העיקרי בין רצף רובה ציד היררכי לבין גנום שלם. חוץ מזה, רצף רובה הציד ההיררכי מורכב משני שלבים עיקריים, בעוד שרצף רובה הציד השלם מסתמך על שלב מרכזי אחד.
יתר על כן, הבדל נוסף בין רצף רובה ציד היררכי לגנום שלם הוא שהרזולוציה גבוהה יותר ברצף רובה ציד שלם בהשוואה לרצף היררכי של רובה ציד.
האינפוגרפיקה שלהלן מסכמת את ההבדל בין רצף רובה ציד היררכי לגנום שלם.
סיכום – רצף רובה ציד היררכי לעומת כל הגנום
רצף רובה ציד היררכי וגנום שלם הן שתי טכניקות לרצף גנומים גדולים. רצף רובה הציד ההיררכי הוא תהליך דו-שלבי של רצף שבו הגנום נשבר לשברים גדולים יותר. לעומת זאת, רצף רובה ציד שלם הוא רצף שלב אחד שבו הגנום נשבר לשברים קטנים ורצף ישירות. לפיכך, זהו ההבדל העיקרי בין רצף רובה ציד היררכי לבין גנום שלם. יתר על כן, ההיבטים הטכניים עשויים להשתנות בין שתי הטכניקות.
