ההבדל העיקרי בין סינטיות לקולינאריות הוא שסינטניות היא שיתוף-לוקליזציה פיזית של לוקוסים גנטיים על אותו כרומוזום במינים, בעוד שקולינאריות היא שיתוף-לוקליזציה פיזית של לוקוסים גנטיים באותו כרומוזום במינים שונים המשמרים אותה הזמנה.
Synteny וקולינאריות הם שני מונחים המשמשים להחלפה בגנומיקה. שני המונחים מתארים את דפוסי לוקליזציה של הגנים בכרומוזומים במינים שונים. סידורי הגנים הקשורים הללו בין הטקסונים הם מידע רב ערך כאשר מסיקים מוצא משותף של גנים. Synteny מתייחס לשיתוף-לוקליזציה פיזית של לוקוסים גנטיים על אותו כרומוזום במינים.קוליניאריות מתייחסת לשיתוף-לוקליזציה פיזית של לוקוסים גנטיים על אותו כרומוזום במינים שונים השומרים על אותו סדר. לכן, זוהי צורה של סינטה.
מה זה Synteny?
במינים שונים, קיימת קבוצה של גנים הממוקמת על אותו כרומוזום. בנוסף, שיתוף-לוקליזציה פיזית זו של גנים על אותו כרומוזום במינים שונים ידועה בשם synteny. כמו כן, גנים אלו נמצאים קרוב מאוד זה לזה על כרומוזום בודד. ייתכן שסדר הגנים אינו בהכרח זהה. אבל, לוקליזציה של גנים זה ליד זה על אותו כרומוזום מתרחשת בסינטטיות. לכן, synteny מתאר בעיקר את דפוס ההפצה של גנים על כרומוזום. דפוסים אלה של לוקליזציה משותפת של גנים מצביעים על יחסים בין מינים שונים ואבולוציה שלהם. עם זאת, סינטיות יכולה להיות מופרעת עקב סידורים מחדש כרומוזומליים כגון טרנסלוקציות, היפוך ואיחוי כרומוזומים וכו' כפילויות, אובדן וריקומבינציה הומולוגית לא שווה.
איור 01: Synteny
מאמינים שכל הגנים המקושרים הם סינטניים. עם זאת, לא כל הגנים הסינטניים קשורים בהכרח. יש להם רצפי כרומוזומים משותפים. לבני אדם יש גנים סינטטיים רבים עם יונקים אחרים. יתר על כן, לדגנים רבים יש גנים סינטטיים.
מהי קולינאריות?
קולינאריות היא צורה ספציפית יותר של סינטה שבה קבוצה של גנים ממוקמת על אותו כרומוזום של מינים שונים באותו סדר כמו במין האבות. לכן, אם יש סטייה מקולינאריות, זה יהיה אופי פילוגנטי אמין יותר שכן קולינאריות מסבירה את מוצאם המשותף של גנים.
איור 02: קולינאריות
ניתוח קולינאריות רב-כיווני מספק מידע אמין הרבה יותר על המינים הקשורים והפילוגניה שלהם.
מה הם קווי הדמיון בין Synteny ו-Collinearity?
- בסינטנסיה וגם בקולינאריות, קבוצה של לוקוסים בשני מינים שונים ממוקמת על אותו כרומוזום.
- מונחים אלה מתארים את הלוקליזציה המשותפת הפיזית של לוקוסים גנטיים על אותו כרומוזום.
- קולינאריות היא צורה ספציפית יותר של סינטה.
- לפעמים שני המונחים משמשים לסירוגין בגנומיקה.
- אם לשני אזורים יש קולינאריות, ברור שהם סינטטיים.
- הם שימושיים בהסקת פילוגניה.
מה ההבדל בין Synteny ו-Collinearity?
Synteny וקולינאריות הם שני מונחים המשמשים להחלפה בגנומיקה. Synteny מתייחס לשיתוף-לוקליזציה פיזית של קבוצה של גנים באותו כרומוזום במינים שונים. קוליניאריות היא צורה של סינטה שבה קבוצת הגנים ממוקמת יחד באותו סדר בין המינים השונים. לכן, זהו ההבדל העיקרי בין סיננטיות לקולינאריות.
סיכום – Synteny vs Collinearity
המונחים synteny ו-collinearity מתייחסים לקבוצה של גנים הממוקמים על אותו כרומוזום במינים שונים. למעשה, גנים אלה ממוקמים יחד באותו כרומוזום במינים שונים. Synteny מתאר את השיתוף הפיזי של גנים קבוצתיים על אותו כרומוזום במינים שונים, בעוד שקולינאריות היא צורה ספציפית יותר של סינטיות שבה קבוצת הגנים ממוקמת בשיתוף באותו סדר.לפיכך, זה מסכם את ההבדל בין סינטיות לקולינאריות.
