ההבדל העיקרי בין קונtig לפיגום הוא שלקונטיג אין פערים בעוד שפיגום מורכב מקונטיגים ופערים.
ריצוף גנום של אורגניזמים רב-תאיים קשה מאוד בהשוואה לרצף של אורגניזמים חד-תאיים. רצף רובה ציד של גנום שלם הוא טכניקת רצף גנום קלה ומהירה עבור גנומים רב-תאיים. זוהי שיטה שמרצפת קטעי DNA חופפים רבים במקביל. בשיטה זו, רסיסים קטנים מורכבים לשברים גדולים יותר ולאחר מכן לקונטיגים גדולים יותר באמצעות מחשב. לאחר מכן מרכיבים את הקונטיגים לפיגומים ולבסוף לכרומוזום. לכן, contig הוא מתיחה מתמשכת של רצפי נוקלאוטידים בעוד שהפיגום הוא חלק מהגנום המורכב מקונטיגים ומרווחים.גם הקונטיג וגם הפיגום הם רצפים גנומיים משוחזרים.
מה זה Contig?
Contig הוא רצף גנומי. זוהי מתיחה רציפה של רצפים המורכבת מבסיסי A, C, G ו-T. הוא נוצר על ידי חיבור של כמה חתיכות קטנות חופפות של DNA לרצף ארוך יותר. במילים פשוטות, contig הוא מכלול של קבוצה של שברי רצף. יצירת Contig כרוכה בזיהוי של קטעי רצף חופפים על בסיס שיטות התאמת מחרוזות ויישור מקומיות המזהות קצוות חופפים של הרצפים.
לקונטיגים אין פערים. זה חלק מפיגום. קונטיגים קשורים זה לזה כשיוצרים פיגום. זה דורש מידע נוסף על המיקום והכיוון היחסי של הקונטיגים בגנום. הפערים מפרידים קונטיגים בפיגום.ביסודו של דבר, הרכבה של contig היא שלב חשוב ברצף רובה ציד שלם. קונטיגים מורכבים לבסוף לרצף גנומי שלם. הרכבת Contig דורשת בדרך כלל הבנה של אלגוריתמים בהתאמת מחרוזות ויישור רצף.
מהו פיגום?
פיגום הוא רצף גנומי משוחזר משבטים של רובה ציד שלם ברצף סופי. מבחינה מבנית, פיגום מורכב מקונטיגים ומרווחים. לכן, פיגומים נוצרים על ידי שרשרת קונטיגים יחד והפרדתם על ידי פערים. יצירת פיגומים זקוקה למידע לגבי המיקום והכיוון היחסי של הקונטיגים בגנום. מכלול רובה ציד שלם מכוון לייצג כל רצף גנומי בפיגום אחד. אבל, זה לא ממש אפשרי. לפיכך, כרומוזום אחד עשוי להיות מיוצג על ידי מספר פיגומים. לפעמים פיגומים יכולים לחפוף. יתר על כן, ניתן לסנן כמה פיגומים במהלך ההרכבה.
איור 02: סקירה כללית של מכלול רובה ציד של גנום
אורכו של מרווח פיגום אינו מראה את אורכו האמיתי. בדרך כלל, פערים מוגדרים באופן שרירותי לאורכים קבועים מסוימים. לפיכך, הפערים ואי הוודאות הללו באורכם יוצרים בעיות בהבנת היחסים המרחביים האמיתיים של אלמנטים תפקודיים בגנום ואת מידת המידע החסר בפועל. לפעמים פערים מייצגים מידע גנומי חסר.
מהם הדמיון בין Contig ו-Scaffold?
- Contig ופיגום הם רצפים גנומיים המורכבים מרצפי נוקלאוטידים.
- פיגומים מורכבים מקונטיגים ומרווחים.
מה ההבדל בין Contig לפיגום?
A contig הוא רצף רציף המורכב מקבוצה של שברי רצף.לעומת זאת, פיגום הוא חלק מהרצף הגנומי שנבנה מחדש על ידי שרשרת חיבורים זה לזה. אז זה ההבדל העיקרי בין contig לפיגום. יתר על כן, לקונטיגים אין פערים בעוד שלקונטיגים בפיגום מופרדים על ידי פערים.
למטה אינפוגרפיקה מציגה הבדלים נוספים בין קונטיג לפיגום.
סיכום – Contig vs Scaffold
הן הקונטינג והן הפיגום הם רצפי נוקלאוטידים משוחזרים בפרויקטים של רצף גנום שלם. Contig הוא מתיחה מתמשכת של רצף גנומי המכילה בסיסים A, C, G ו-T ללא פערים. הפיגום הוא רצף גנומי המורכב מקוטיגים ומרווחים. לפיכך, רכיבי ההרכבה הקצרים ביותר הם קונטיגים ואילו הפיגומים הם מכלולים של קונטיגים. לבסוף, הפיגומים מורכבים לכרומוזומים ברצף גנום שלם.לפיכך, זה מסכם את ההבדל בין קונטיג לפיגום.
