ההבדל העיקרי בין CDS ל-ORF הוא ש-CDS הוא אותו רצף נוקלאוטידים בפועל של גן שמתורגם לחלבון בעוד ORF הוא קטע של רצף DNA שמתחיל באתר תחילת התרגום (קודון התחלה) ומסתיים ב- אתר סיום תרגום (קודון עצירה).
לגן יש רצף קידוד (CDS). הוא מורכב מכלל אקסונים של הגן וקודון התחלה וקדון עצירה. זהו החלק הממשי של הגן שמתרגם ומייצר את החלבון. מסגרת קריאה פתוחה או ORF היא רצף נוקלאוטידים הממוקם בין קודון התחלה לקודון עצירה. אין קודון עצירה בתוך ORF שמפריע לקוד הגנטי שמתורגם לחלבון.בפרוקריוטים, CDS ו-ORF של גן זהים.
מה זה CDS?
CDS או רצף קידוד הוא החלק בגן שמתורגם למעשה לחלבון. הוא מורכב מאקסונים ושני קודונים הידועים כקודון AUG וקודון עצור. CDS אינו מכיל שני אזורים לא מתורגמים: 5' UTR ו-3 אינץ' UTR. יתר על כן, אינטרונים אינם כלולים ב-CDS.
איור 01: רצף קידוד
בהשוואה לכל הגנום של אדם, רצפי קידוד הם חלק קטן. רצף הקידוד מורכב מרצף הנוקלאוטידים הדרוש ליצירת רצף חומצות האמינו של החלבון. לכן, CDS הם אקסונים מרוכזים שניתן לחלק לטריפלטות נוקלאוטידים או קודונים. קודונים יוצרים חומצות אמינו.
מהו ORF?
מסגרת קריאה פתוחה או ORF היא המתיחה המתמשכת של רצף נוקלאוטידים שמתחיל בקודון התחלה ומסתיים בקודון עצירה.במילים פשוטות, ORF מתייחס לאזור של רצף הנוקלאוטידים הממוקם בין קודוני התחלה ועצירה. בין לבין, אין קודון עצירה שמפריע ל-ORF. רצף הנוקלאוטידים בין קודון התחלה לעצירה מקודד לחומצות אמינו. בדרך כלל, קודון התחלה הוא ATG בעוד שקודוני עצירה הם TAG, TAA ו-TGA. ORF נותן חלבון פונקציונלי בעת שעתוק ותרגום. לפיכך, ORF כולל קודון התחלה, מספר קודונים באזור האמצע וקודון עצירה. מעניין, ל-ORF יש אורך שניתן לחלק בשלוש.
איור 02: מסגרת קריאה פתוחה
בפרוקריוטים, מכיוון שאין אינטרונים, ORF הוא הרצף המקודד של גן שמתעתק ישירות ל-mRNA. לכן, CDS ו-PRF זהים בפרוקריוטים. כאשר מחפשים גנים בפרוקריוטים, קל לזהות ORF ולמצוא גן בפרוקריוטים.באאוקריוטים, מכיוון שיש אינטרונים, ORF הוא רצף הקודון שנוצר לאחר עיבוד או שחבור RNA. ORF היא עדות המסייעת לחיזוי גנים כל עוד סביר להניח ש-ORF הוא חלק מהגן.
מהם הדמיון בין CDS ל-ORF?
- בפרוקריוטים, CDS ו-ORF זהים.
- לשניהם יש קודון התחלה וקודון עצור.
- יש להם מספר נוקלאוטידים אותם ניתן לחלק בשלושה.
- לאחר שהם מתרגמים, הם מייצרים רצפי חומצות אמינו.
מה ההבדל בין CDS ל-ORF?
CDS הוא החלק הממשי של הגן שמתורגם לחלבון בעוד ORF הוא מתיחה של DNA בין קודון התחלה לקודון עצירה. אז זה ההבדל העיקרי בין CDS ל-ORF. יתר על כן, CDS אינו מכיל אינטרונים, אך ORF עשוי להכיל אינטרונים. CDS מתמלל במלואו לרצף mRNA שלם בעוד ש-ORF יכול להיות חלק מרצף ה-mRNA.לפיכך, זהו הבדל נוסף בין CDS ל-ORF.
להלן אינפוגרפיקה מציגה זו לצד זו את ההבדלים בין CDS ו-ORF.
סיכום – CDS לעומת ORF
CDS ו-ORF הם שני חלקים חשובים של גן. CDS מתייחס לאזור בפועל של DNA שמתורגם לחלבון. ORF הוא רצף של DNA שמתחיל בקודון ההתחלה "ATG" ומסתיים בכל אחד משלושת קודוני הסיום (TAA, TAG או TGA). ORF עשוי להיות חלק מה-mRNA המלא של גן. עם זאת, רצף הקידוד של גן מתעתק לרצף mRNA מלא. כל ה-CDSs הם ORFs. אבל לא כל ה-ORFs הם CDSs. לפיכך, זה מסכם את ההבדל בין CDS ל-ORF.
