ההבדל העיקרי בין פריימר לפרומוטור הוא שהפריימר הוא רצף DNA קצר מסונתז מסחרי, המשמש ב-PCR להגברה של רצף DNA מטרה בעוד שהפרומוטור הוא רצף DNA ספציפי המספק אתר קישור התחלתי בטוח ל-RNA פולימראז ותעתוק גורמי על מנת ליזום שעתוק.
פריימר ומקדם הם שני סוגים של רצפי DNA. פריימר הוא שבר קטן של DNA הדרוש לתגובת שרשרת פולימראז (PCR). יש לו רצפי נוקלאוטידים קצרים המשלימים לקצה האגף של גדיל ה-DNA. ישנם שני סוגים של פריימרים, והם פועלים כנקודות מוצא לסינתזה של גדילי DNA חדשים.לעומת זאת, פרומוטור הוא רצף DNA ספציפי הממוקם במעלה הזרם לאתר תחילת השעתוק של גן. הוא מקיים אינטראקציה ישירה עם מרכיבי מנגנון התעתוק כגון RNA פולימראז וגורמי שעתוק על מנת לשלוט על שעתוק ה-DNA. לכן, RNA פולימראז וגורמי שעתוק אחרים נקשרים לרצף הפרומטור ומתחילים שעתוק.
מהו פריימר?
Primers הם רצפי DNA קצרים המיועדים להגברה של רצפי DNA מטרה. מבחינה מבנית, יש להם רצפי נוקלאוטידים קצרים המשלימים לקצוות האגפים של גדילי ה-DNA הכפולים. אורכם בדרך כלל בסביבות 20 נוקלאוטידים. במהלך ה-PCR, Taq פולימראז מזרז הוספת נוקלאוטידים לרצף הנוקלאוטידים הקיים. לפיכך, פריימרים משמשים כנקודות מוצא לסינתזה של גדילים חדשים. פולימראז Taq פועל רק בכיוון של 5' עד 3'. מכאן שגם סינתזת DNA מתרחשת באותו כיוון של 5' עד 3'. מכיוון שה-DNA הוא דו-גדילי, יש צורך בשני סוגים של פריימרים ב-PCR.הם ידועים בתור ה-forward primer ו-reverse primer, בהתבסס על כיוון ההתארכות של ה-primer במהלך סינתזת ה-DNA.
איור 01: Primers
פריימר קדימה מחשל עם גדיל DNA אנטי-סנס ומתחיל את הסינתזה של + גדיל של הגן לכיוון 5' עד 3'. יש לו רצף נוקלאוטידים קצר המשלים לקצה 3' האגף של גדיל האנטי-סנס. פריימר הפוך מתכלה עם גדיל החוש ומתחיל סינתזה של גדיל משלים של הגדיל המקודד, כלומר - גדיל של הגן לכיוון 5' עד 3'. לפיכך, פריימר הפוך מתוכנן משלים לקצה 3' של גדיל הקידוד. גם פריימרים הפוכים וגם קדימה חשובים לייצור של מיליוני עד מיליארדי עותקים של אזורים מסוימים של DNA שממוקדים או מתעניינים.
מהו מקדם?
הפרומוטור הוא רצף DNA הממוקם במעלה הזרם או בקצה 5′ של אתר תחילת השעתוק של גן. הוא מספק אתר קישור ל-RNA פולימראז ולאלמנטים רגולטוריים מסוימים על מנת ליזום את השעתוק של הגן. זהו רצף רגולטורי הדרוש להפעלה או כיבוי של גן. יש רצף נוקלאוטידים ספציפי בפרומוטור. זה יכול לכלול 100-1000 זוגות בסיסים. מקדם מראה את כיוון התמלול. יתר על כן, הוא מציין את גדיל החושים שיש לתמלל.
איור 02: מקדם גן
ישנם שלושה סוגים של אלמנטים של מקדם כמקדם ליבה, מקדם פרוקסימלי ומקדם דיסטלי. מקדם הליבה הוא החלק המינימלי של האמרגן הנדרש כדי ליזום שעתוק.הוא ממוקם הכי קרוב לקודון ההתחלה. קופסת TATA היא אזור שמור שנמצא במקדמי ליבה אוקריוטיים רבים. הוא נמצא 25 עד 35 זוגות בסיסים במעלה הזרם של אתר התחלת התעתיק. המקדם הפרוקסימלי נמצא יותר במעלה הזרם למקדם הליבה. בדרך כלל, הוא ממוקם 250 זוגות בסיסים במעלה הזרם לקודון ההתחלה ומכיל אלמנטים רגולטוריים ראשוניים. המקדם הדיסטלי נמצא במעלה הזרם למקדם הפרוקסימלי, והוא מכיל אלמנטים רגולטוריים נוספים. למקדמים של חיידקים יש שני מרכיבי רצף קצרים במקדמים שלהם. TATAAT הוא רצף הקונצנזוס הממוקם ב-10 של מקדם חיידקים בעוד ש-TTGACA הוא רצף הקונצנזוס ב-35. הם ידועים כרכיב -10 ורכיב -35.
מהם הדמיון בין פריימר למקדם?
- פריימר ומקדם הם שני סוגים של רצפי DNA.
- הם מורכבים מרצפי נוקלאוטידים.
- גם הפריימר וגם הפרומוטור חשובים לביטוי גנים.
מה ההבדל בין פריימר למקדם?
Primer הוא רצף נוקלאוטידים קצר המיועד להגברה של DNA מטרה. לעומת זאת, הפרומוטור הוא רצף DNA רגולטורי ספציפי שנמצא במעלה הזרם לאתר תחילת השעתוק של גן. אז זה ההבדל העיקרי בין פריימר למקדם. אורך הפריימרים הוא כ-20 זוגות בסיסים ואילו לפרומוטור יכולים להיות 100 -1000 זוגות בסיסים. מבחינה פונקציונלית, פריימרים משמשים כרצפים התחלתיים לסינתזת הגדיל החדש, בעוד שמקדמים שולטים בתעתוק גנים על ידי מתן אתרי קישור ל-RNA פולימראז וגורמי שעתוק אחרים.
יתר על כן, פרומוטור מוגדר ככיוון התעתיק ומציין את גדיל החושים של גן. מבחינה מבנית, פריימר הוא רצף DNA קצר חד-גדילי בעוד שהפרומוטור הוא רצף DNA דו-גדילי ארוך.
גרפיקת המידע למטה מציגה השוואות נוספות הקשורות להבדל בין פריימר למקדם.
סיכום – פריימר נגד מקדם
Primers הם רצפי נוקלאוטידים קצרים המשלימים לקצוות האגפים של דו-גדילי ה-DNA של המטרה. שני סוגים של פריימרים משמשים ב-PCR. הם משמשים כרצפי ההתחלה לסינתזה של גדילים חדשים. פריימרים מתוכננים מסחרית, והם רצפים יציבים בטמפרטורה. מצד שני, הפרומוטור הוא רצף רגולטורי של גן הממוקם במעלה הזרם לאתר תחילת השעתוק. פרומטורים שולטים בתעתיק של גנים. הם מספקים אתרי קישור ל-RNA פולימראז וגורמי שעתוק כדי להתחיל את השעתוק. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין פריימר למקדם.
