הבדל מפתח – דף SDS לעומת Western Blot
Western blotting היא טכניקה המזהה חלבון ספציפי מדגימת חלבון. טכניקה זו מבוצעת באמצעות מספר שלבים מרכזיים: אלקטרופורזה בג'ל, סופג והכלאה. Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS Page) היא מעין טכניקת ג'ל אלקטרופורזה המשמשת להפרדת חלבונים לפי גודלם (משקל מולקולרי). Western blot הוא גיליון מיוחד של קרום סופג המשמש להעברת אותה דפוס של החלבונים ב-SDS Page. ההבדל העיקרי בין SDS Page ל-Western blot הוא ש-SDS Page מאפשר הפרדה של חלבונים בתערובת בעוד ש-Western blot מאפשר זיהוי וכימות של חלבון ספציפי מתערובת.שניהם שימושיים במחקרי ניתוח חלבון.
מהו דף SDS?
SDS Page היא טכניקת אלקטרופורזה של ג'ל המשמשת להפרדת חלבונים. הוא נמצא בשימוש נפוץ בביוכימיה, גנטיקה, זיהוי פלילי וביולוגיה מולקולרית. לאחר חילוץ החלבונים מהדגימה, הם מופעלים על ג'ל המורכב מ-SDS ופוליאקרילאמיד. SDS הוא חומר ניקוי אניוני המשמש ללינאריות של חלבונים (דנטור חלבונים) ולהקניית מטען שלילי לחלבונים ליניאריים פרופורציונליים למסה המולקולרית שלהם. פוליאקרילאמיד הופך לתמיכה המוצקה לג'ל. חלבונים דנטורציה בעלי מטען שלילי נודדים לעבר הקצה החיובי של המנגנון דרך הג'ל. בהתאם לגדלים של החלבונים, מהירויות הנדידה שונות בין חלבונים ומתרחשת הפרדה. לכן, דף SDS שימושי להפרדה של חלבונים בודדים על סמך הגדלים שלהם.
הכנת ג'ל הפוליאקרילאמיד לפירוק חלבונים היא שלב מכריע ב-SDS Page.הריכוז הנכון של פוליאקרילאמיד וסוג חומר ההצלבה המשמש משפיעים מאוד על התכונות הפיזיקליות של הג'ל, מה שגורם להפרדה בפועל של החלבונים השונים. יש לנהל נכון את גודל הנקבוביות של הג'ל להפרדה יעילה. עם זאת, SDS Page נחשב כטכניקת הפרדת חלבון ברזולוציה גבוהה.
טכניקת SDS Page יש מגבלה גדולה בניתוח חלבון. כיוון ש-SDS גורם לדנטורציה של חלבונים לפני ההפרדה, הוא אינו מאפשר זיהוי של פעילות אנזימטית, אינטראקציות של קשירת חלבון, קו-פקטורים של חלבון וכו'.
איור 01: דף SDS
מה זה Western Blot?
טכניקת הסופג המערבית מאפשרת זיהוי של חלבון ספציפי מתערובת חלבון ומדידה של הכמות והמשקל המולקולרי של החלבון. Western blot הוא הממברנה המשמשת במהלך הליך הספיגה כדי לקבל את תמונת המראה של דפוסי החלבון בג'ל SDS-polyacrylamide. הממברנה המשמשת לספיגה מערבית מורכבת בעיקר מניטרוצלולוזה או פוליווינילידן דיפלואוריד (PVDF). ניתן להשתמש בממברנה עם החלבון המועבר לזיהוי החלבון הרצוי. הוא דורש נוגדן איכותי לזיהוי החלבון הרצוי על ידי הכלאה. הנוגדן נקשר לאנטיגן הספציפי שלו וחושף את נוכחותו של האנטיגן הרצוי שהוא חלבון.
העברת החלבונים מג'ל SDS polyacrylamide ל-Western blot מתבצעת באמצעות electroblotting. זוהי שיטה יעילה ומהירה אשר גורמת לחלבונים לעבור אלקטרופורזה מתוך הג'ל ולעבור לממברנת הניטרוצלולוזה (כתם מערבי).
איור 02: כתם מערבי
מה ההבדל בין SDS Page ל-Western Blot?
SDS Page לעומת Western Blot |
|
| SDS Page הוא טכניקת אלקטרופורזה של ג'ל. | Western blot היא טכניקה המבוצעת על ממברנה כדי לזהות חלבון ספציפי מתערובת. |
| השתמש | |
| דף SDS מאפשר הפרדה של חלבונים בהתאם לגדלים שלהם. | Western blot מאפשר העברת חלבונים על גבי הג'ל של עמוד SDS מבלי לשנות את התבנית שלו ומאפשר הכלאה עם נוגדנים ספציפיים. |
| חסרונות | |
| דנטורציה של חלבונים, עלות גבוהה ונוכחות של כימיקלים נוירוטוקסינים הם החסרונות של טכניקה זו. | טכניקה זו גוזלת זמן ודורשת ניסיון אישי ותנאים מבוקרים ספציפיים. |
סיכום – SDS Page לעומת Western Blot
דף SDS ו-Western blot הן שתי שיטות המעורבות בניתוח חלבון. SDS Page מאפשר הפרדה קלה של חלבונים על ג'ל בהתאם למשקל המולקולרי שלהם. כתם ווסטרן עוזר לאשר את נוכחותו וכמותו של חלבון ספציפי באמצעות הכלאה עם נוגדנים ספציפיים. זה ההבדל בין SDS Page ל-Western blot.
