ההבדל העיקרי בין CGH למערך CGH הוא ש-CGH היא שיטה ציטוגנטית מולקולרית מסורתית לניתוח שונות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בעלת רזולוציה נמוכה יותר, בעוד שמערך CGH הוא שיטה ציטוגנטית מולקולרית אוטומטית לחלוטין עבור ניתוח וריאציה של מספר עותק ב-DNA של דגימת בדיקה בעלת רזולוציה גבוהה יותר.
CGH ומערך CGH הן שתי טכניקות לזיהוי וריאציות של מספר העתקות אצל אנשים. וריאציה של מספר העתק מתייחסת לקטעים של הגנום שחוזרים על עצמם. מספר העותק משתנה בין אנשים. וריאציה של מספר עותק מסווגת בדרך כלל לשתי קבוצות: חזרות קצרות וחזרות ארוכות.אחת הדוגמאות הידועות ביותר לווריאציה של מספר עותק קצר היא החזרה של הטרינוקלאוטיד CAG בגן האנטינגטין. זה גורם להפרעה נוירולוגית הנקראת huntingtin. הדוגמה הטובה ביותר לשונות מספר העתקות חוזרות ארוכות היא גן אלפא עמילאז, הגורם לתנגודת לאינסולין. ניתן לזהות וריאציה של מספר עותק על ידי טכניקות כגון FISH, CGH ומערך CGH.
מה זה CGH?
CGH היא שיטה ציטוגנטית מולקולרית מסורתית לניתוח שונות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בהשוואה לדגימת ייחוס. יש לו רזולוציה נמוכה יותר בהשוואה לטכניקות אוטומטיות. מטרת הטכניקה הזו היא להשוות במהירות וביעילות בין שתי דגימות DNA גנומי הנובעות ממקורות שונים.
איור 01: CGH
ההליך כולל בידוד של DNA משני מקורות: בדיקה והתייחסות. ואז השלב הבא הוא תיוג עצמאי של דגימות בדיקה והתייחסות DNA עם פלואורפורים בצבעים שונים. מאוחר יותר, שתי דגימות ה-DNA עברו דנטורציה על מנת לקבל את דגימות ה-DNA החד-גדילי. לבסוף, בוצעה הכלאה של שתי דגימות ה-DNA שנוצרו ביחס של 1:1 לפיזור מטאפזה רגיל של כרומוזומים. ניתן לזהות את ההבדלים הכרומוזומליים בין שני המקורות באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי ותוכנת מחשב. יתר על כן, טכניקת CGH מסוגלת לזהות רק הפרעות כרומוזומליות לא מאוזנות.
מהו מערך CGH?
Array CGH היא שיטה ציטוגנטית מולקולרית אוטומטית לחלוטין לניתוח וריאציות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בהשוואה לדגימת ייחוס. יש לו רזולוציה גבוהה יותר, והוא פותח על מנת למזער את המגבלות של CGH מסורתי. מערך CGH משלב את עקרונות ה-CGH עם השימוש במיקרו-מערכים.במקום להשתמש בכרומוזומים של מטאפאזה, שיטה זו משתמשת בשקופיות עם מקטעים קטנים של DNA כמטרות. המיקרו-מערכים הללו נוצרו על ידי הפקדה והשבתה של כמות קטנה של DNA (בדיקות) על משענת זכוכית מוצקה. גודל הבדיקות יכול להשתנות מאוליגונוקלאוטיד לכרומוזום מלאכותי חיידקי.
איור 02: מערך CGH
ללא קשר לבדיקות, השיטה הבסיסית של מערך CGH דומה ל-CGH. לאחר הכנת בדיקות המכילות מיקרו-מערך, שתי דגימות ה-DNA (בדיקה והתייחסות) המסומנות בפלואורופורים בצבעים שונים מעורבבים יחד ומוסיפים למיקרו-מערך. מכיוון שה-DNA בדגימות הוא חד-גדילי עקב דנטורציה, DNA זה משתלב עם בדיקות חד-גדיליות ערכות. באמצעות מערכת הדמיה דיגיטלית ניתן לזהות את ההבדלים הכרומוזומליים בין שני המקורות.
מהם הדמיון בין CGH למערך CGH?
- CGH ומערך CGH הן שתי טכניקות לזיהוי וריאציות של מספר עותק.
- הן שיטות ציטוגנטיות מולקולריות.
- שתי השיטות מאבחנות הפרעות כרומוזומליות לא מאוזנות.
- פלואורפורים מעורבים בשתי השיטות.
- ניתן להשתמש בשתי השיטות כדי לזהות הפרעות גנטיות עקב שינויים במספר העתקות.
- הם נמצאים בשימוש נרחב בניתוח גנומי השוואתי.
מה ההבדל בין CGH למערך CGH?
CGH היא שיטה ציטוגנטית מולקולרית מסורתית לניתוח שונות מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בעלת רזולוציה נמוכה יותר, בעוד שמערך CGH הוא שיטה ציטוגנטית מולקולרית אוטומטית לחלוטין לניתוח שונות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה. בעל רזולוציה גבוהה יותר. אז זה ההבדל העיקרי בין CGH למערך CGH.יתרה מזאת, ב-CGH, דגימות DNA של בדיקה והתייחסות מתכלאות עם התפשטות מטאפזה רגילה של כרומוזומים, אך במערך CGH, דגימות DNA של בדיקה והתייחסות מתכלאות עם בדיקות ה-DNA המקועות המכילות מיקרו-מערך.
האינפוגרפיקה שלהלן מפרטת את ההבדלים בין CGH למערך CGH בצורה טבלה להשוואה זו לצד זו.
סיכום – CGH לעומת מערך CGH
CGH ומערך CGH הן שתי טכניקות ציטוגנטיות מולקולריות לזיהוי הפרעות כרומוזומליות לא מאוזנות. הם נמצאים בשימוש נרחב בניתוח גנומי השוואתי. CGH היא שיטה ציטוגנטית מולקולרית מסורתית לניתוח שונות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בעלת רזולוציה נמוכה יותר. לעומת זאת, מערך CGH הוא שיטה ציטוגנטית מולקולרית אוטומטית לחלוטין לניתוח שונות של מספר העתקים ב-DNA של דגימת בדיקה בעלת רזולוציה גבוהה יותר. לפיכך, זה מסכם את ההבדל בין CGH למערך CGH.
