הבדל מפתח – Probe vs Primer
הבדיקה המולקולרית היא קטע DNA או RNA קטן המזהה את הרצפים המשלימים ב-DNA או RNA ומאפשר זיהוי של רצף המטרה. פריימר הוא קטע קטן של DNA או RNA המשמש כנקודת מוצא לסינתזת DNA. פריימרים ובדיקות כלאיים עם הנוקלאוטידים המשלימים של ה-DNA התבנית או ה-DNA היעד. עם זאת, ההבדל העיקרי בין בדיקה לפריימר הוא שפריימרים נחוצים לשכפול DNA בעוד שבדיקות נחוצות לזיהוי רצפים ספציפיים ב-DNA המדגם.
מה זה בדיקה?
Probe הוא קטע קטן של DNA או RNA המשמש לזיהוי ה-DNA או ה-RNA היעד בדגימה על ידי הכלאה מולקולרית.הם ידועים גם בתור סמנים מולקולריים. אורך הבדיקה יכול להשתנות (100 עד 1000 בסיסים), ונוקלאוטידים של הבדיקה משלימים לחלק של רצף המטרה. כדי להקל על הזיהוי, בדיקות מסומנות עם איזוטופים רדיואקטיביים או עם צבעים ניאון או נוגדנים. בדיקות נקשרות עם הבסיסים המשלימים של רצף המטרה וחושפות את נוכחות ה-DNA או ה-RNA של המטרה בדגימה. ישנן שתי שיטות עיקריות לתיוג בדיקות: תיוג קצה ותרגום ניק. בדיקות מסווגות לסוגים שונים כולל בדיקות DNA, בדיקות RNA, בדיקות cDNa ובדיקות אוליגונוקלאוטידים סינתטיות, והן מוכנות בטכניקות שונות.
בדיקות הם כלים חשובים בתחומים מיקרוביאליים ומולקולריים רבים כמו וירולוגיה, פתולוגיה משפטית, בדיקות אבהות, טביעת אצבע של DNA, איתור מחלות גנטיות, RFLP, ציטוגנטיקה מולקולרית, הכלאה באתרו וכו'.
איור 01: בדיקה מסומנת פלואורסצנטית בשימוש ב-FISH לזיהוי פתוגנים
מהו פריימר?
Primer הוא קטע DNA או RNA קצר המשמש כיוזם לסינתזת DNA. אנזים DNA פולימראז מוסיף נוקלאוטידים לקבוצת OH 3' של רצף הפריימר ומסנתז את הגדיל החדש המשלים ל-DNA התבנית. פריימרים הם מקטעים קצרים מאוד באורך של 18 עד 20 נוקלאוטידים. הם מסונתזים כימית במעבדה להגברת DNA במבחנה (PCR). לפריימרים יכולים להיות כל רצף של נוקלאוטידים מכיוון שהם מתוכננים על ידי המשתמש. הם מסונתזים כדי להתאים לבסיסים המשלימים של ה-DNA של התבנית. לכן, יכול להיות לו כל רצף של נוקלאוטידים. פריימרים הם בעלי חשיבות עליונה לשכפול ה-DNA מכיוון ש-DNA פולימראז אינו יכול לסנתז DNA חדש ללא חתיכת DNA קיימת. בעת תכנון הפריימרים עבור PCR, יש לקחת בחשבון את הדברים הבאים:
- Primers צריכים להכיל את הנוקלאוטידים המשלימים לקצה האגף של ה-DNA שרוצה להגביר.
- לפריימרים צריך להיות טמפרטורת התכה בין 55 - 65 0C
- תוכן G ו-C צריך להיות בין 50 ל-60%.
שני פריימרים משמשים ב-PCR בתור קדימה ואחורה כדי לשכפל את שני הגדילים של ה-DNA המדגם. פריימרים משמשים בדרך כלל לביצוע PCR ורצף DNA.
איור 02: חישול פריימר ב-PCR
מה ההבדל בין Probe לפריימר?
Probe vs Primer |
|
| Probe הוא קטע קטן של DNA/RNA המשמש לזיהוי נוכחות רצף המטרה בדגימה על ידי הכלאה מולקולרית. | Primer הוא קטע קטן של DNA או RNA המשמש כנקודת מוצא לשכפול DNA. |
| פונקציה | |
| זה מזהה נוכחות של רצף ספציפי בדגימת ה-DNA או ה-RNA. | זה משמש כנקודת התחלה לסינתזת DNA. |
| Length | |
| אורך יכול להיות בטווח של 100 - 1000 בסיסים | אורך הוא בדרך כלל בערך 18 - 20 בסיסים |
| כריכה עם רצף משלים | |
| Probe כלאיים עם הבסיסים המשלימים של רצף היעד | פריימר מחשל עם הבסיסים המשלימים של גדילי ה-DNA. |
| Labeling | |
| בדיקות מסומנות כדי להקל על הזיהוי | פריימרים בדרך כלל אינם מסומנים |
| השתמש ב-PCR | |
| בדיקות אינן בשימוש ב-PCR | שימוש בפריימרים ב-PCR |
סיכום – Probe vs Primer
Probe הוא קטע קטן של רצף DNA או RNA שניתן להכלאה עם נוקלאוטידים משלימים כדי לזהות רצף מטרה בדגימה. בדיקות מסומנות באופן רדיואקטיבי, אימונולוגי או פלואורסצנטי כדי לראות את נוכחות רצף המטרה. פריימר הוא קטע DNA או RNA קטן מאוד המשמש כנקודת המוצא להגברת DNA במבחנה. DNA פולימראז מזהה פריימר של קבוצת OH 3' ומתחיל בנייה של גדיל חדש משלים לתבנית. בדיקות ופריימרים פועלים באופן דומה על ידי הכלאה עם נוקלאוטידים משלימים.לפיכך, ההבדל העיקרי בין בדיקה לפריימר הוא הפונקציה העיקרית שלהם.
