ההבדל העיקרי בין ITS1 ל-ITS2 הוא ש-ITS1 הוא DNA spacer הממוקם בין גנים rRNA 18S ו-5.8S באאוקריוטים, בעוד ש-ITS2 הוא DNA spacer הממוקם בין גנים rRNA 5.8S ו-28S באאוקריוטים.
Internal transcribed spacer (ITS) הוא ה-DNA המרווח הממוקם בדרך כלל בין תת-יחידה קטנה של RNA ריבוזומלית וגנים של תת-יחידה גדולה של RNA ריבוזום בכרומוזום או באזור המתועתק המקביל במולקולת תעתיק rRNA precursor polycistronic. בחיידקים וארכיאה, יש רק ITS בודד בין גנים rRNA 16S ו-23S. אבל באוקריוטים, יש שני ITS spacer DNA: ITS1 (בין 18S ל-5.8S rRNA גנים) ו-ITS2 (בין 5.8S ל-28S rRNA). לכן, ITS1 ו-ITS2 הם שני DNA מרווח שנמצא בין גנים של rRNA באוקריוטים.
מה זה ITS1?
ITS1 הוא DNA spacer הממוקם בין גנים rRNA 18S ו-5.8S באוקריוטים. ITS מתייחס לפיסת DNA מרווח לא תפקודי הממוקמת בין גנים של rRNA. ל-ITS1 יש וריאציה באורך גדולה יותר מ-ITS2. שינוי האורך של ITS1 הוא בערך (200-300bp). סמני ITS כגון ITS1 הוכיחו את יעילותם בבירור קשרים פילוגנטיים בין טסים שונים. יתר על כן, DNA spacer ITS1 שמור פחות מ- ITS2 spacer DNA. מבני ITS1 נשמרים רק ביחידות טקסונומיות קטנות בהרבה. כל צביר ריבוזומלי אוקריוטי מכיל גם אזורים הנקראים מרווחים מתומללים חיצוניים (5' ו-3' ETS).
איור 01: אזור ITS1
ה-DNA המרווח ITS1 קרוב מאוד למרווח המתועתק החיצוני 5' (5' ETS). יתר על כן, אם מישהו רוצה להגביר את אזור ITS1 למחקרי קשרים פילוגנטיים, עליו להשתמש בזוג פריימר ספציפי (פריימרים הפוכים וקדימויים) למטרה זו. כדי להגביר את אזור ITS1, משתמשים בדרך כלל בשתי ערכות פריימר בפרוטוקולי PCR של מעבדות. הם ITS1 קדימה ו-ITS2 לאחור או ITS1 קדימה ו-ITS4 אחורה.
מה זה ITS2?
ITS2 הוא DNA spacer הממוקם בין גנים rRNA 5.8S ו-28S באוקריוטים. לאזור ITS2 יש וריאציה באורך קצר יותר מאזור ITS1. שינוי האורך של ITS2 הוא בקירוב (180-240bp). עם זאת, אזור ITS2 שמור יותר מאזור ITS1 ביחידות טקסונומיות רבות. זה מזהה שכל רצפי ITS2 חולקים ליבה משותפת של המבנה המשני. יתרה מכך, 40% מאזור ITS2 נשמר בין כל האנגיוספרמים, בעוד שניתן ליישר 50% מאזור ITS2 על פני משפחה ורמה גבוהה יותר.
איור 02: אזור ITS2
ללא קשר להיקף השימור, השימוש באזור ITS2 גם פופולרי מאוד כמו אזור ITS1 במחקרי קשרים פילוגנטיים, במיוחד בברקוד דנ א פטרייתי. כדי להגביר את אזור ITS2, נעשה שימוש בדרך כלל בערכת פריימר ספציפית בפרוטוקולי PCR של מעבדות. כלומר ITS1 קדימה ו-ITS4 הפוך. אבל כאשר פרוטוקול PCR משתמש בערכת פריימר זו, הוא גם מגביר את אזור ITS1 יחד עם אזור ITS2. יתר על כן, ה-DNA המרווח ITS2 קרוב מאוד ל-3' החיצוני המתועתק (3' ETS).
דמיון בין ITS1 ל-ITS2
- ITS1 ו-ITS2 הם שני DNA מרווחים הממוקמים בין גנים של rRNA.
- הם קיימים רק באיקריוטים.
- ניתן להגביר את שניהם על ידי שימוש בצמדי פריימר ספציפיים.
- שניהם נכרתים בהבשלת rRNA כתוצרי לוואי לא פונקציונליים.
- שניהם חשובים מאוד למחקרי קשר פילוגנטיים, במיוחד בברקוד דנ"א פטרייתי.
הבדל בין ITS1 ל-ITS2
ITS1 הוא DNA spacer הקיים בין גנים rRNA 18S ו-5.8S באאוקריוטים בעוד ITS2 הוא DNA spacer הממוקם בין גנים rRNA 5.8S ו-28S באוקריוטים. אז זה ההבדל העיקרי בין ITS1 ל-ITS2. יתר על כן, ל-ITS1 יש שונות אורך גדולה יותר בהשוואה ל-ITS2. מצד שני, ל-ITS2 יש וריאציה באורך קצר יותר בהשוואה ל-ITS1. זהו הבדל נוסף בין ITS1 ל-ITS2.
האינפוגרפיקה שלהלן מפרטת את ההבדלים בין ITS1 ל-ITS2 בצורה טבלה להשוואה זה לצד זה.
סיכום – ITS1 לעומת ITS2
Internal transcribed region (ITS) הוא חלק לא פונקציונלי של DNA spacer הממוקם בין גנים של rRNA. בחיידקים וארכיאה, יש רק אזור ITS בודד.אבל באוקריוטים, ישנם שני אזורי ITS: ITS1 ו-ITS2. ITS1 הוא DNA spacer שנמצא בין גנים rRNA 18S ו-5.8S באאוקריוטים, בעוד ש-ITS2 הוא DNA spacer שנמצא בין גנים rRNA 5.8S ו-28S באוקריוטים. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין ITS1 ל-ITS2.
