הבדל מפתח – ג'ל הערימה לעומת ג'ל הפרדה
המונחים ג'ל הערימה וג'ל הפרדה משמשים בהסבר של טכניקת SDS-PAGE. אלקטרופורזה של ג'ל SDS-PAGE או sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide היא טכניקת מעבדה המשמשת להפרדת מולקולות חלבון על סמך משקלן המולקולרי. התיאוריה מאחורי הטכניקה היא שחלבונים בעלי משקל מולקולרי שונה מראים קצבי הגירה שונים; מולקולות במשקל מולקולרי נמוך נודדות מהר יותר ואילו מולקולות במשקל מולקולרי גבוה נודדות לאט. המדיום להגירה הוא ג'ל. ישנם שני סוגים של ג'לים המכונים ג'ל ערימה וג'ל מפריד.ההבדל העיקרי בין ג'ל הערימה לג'ל המפריד הוא שה-pH של ג'ל הערימה הוא 6.8 בעוד שה-pH של הג'ל המפריד הוא 8.8.
מה זה Stacking Gel?
Stacking gel הוא ג'ל פוליאקרילאמיד נמוך בריכוז המונח על גבי ג'ל מרוכז יותר (ג'ל מפריד) בטכניקת SDS-PAGE. ג'ל הערימה משמש לשיפור הרזולוציה של אלקטרופורזה. הרזולוציה גדלה בגלל ההבדל בין ריכוזי ג'ל ערימה וג'ל ממסך המשפיעים על החלבונים בדגימה. מכיוון שריכוז הפוליאקרילאמיד בג'ל הערימה נמוך, גודל הנקבוביות גבוה יותר. זה גם עוזר להגדיל את ההפרדה.
ג'ל הערימה הוא ג'ל פוליאקרילאמיד רופף עם נקבוביות גדולות של כ-7% פוליאקרילאמיד. נקבוביות אלו אינן פועלות כמחסום משמעותי עבור מולקולות חלבון גדולות. מכאן שהג'ל הזה משפיע מעט על הניידות של אותם חלבונים. זה עושה הפרדה לפי הניידות והגודל של החלבון על ידי ריכוזם בין שני ג'לים.
איור 01: SDS-PAGE אקרילאמיד ג'ל
ה-pH של ג'ל הערימה הוא 6.8. ה-pH שלו חומצי מזה של פירוק ג'ל ב-2 יחידות pH. pH זה מרמז על חוזק יוני נמוך יותר ומכאן התנגדות חשמלית גבוהה יותר. זה מעורר את הניידות של חלבונים מאשר חלקיקים טעונים אחרים המצויים בג'ל.
מהו ג'ל הפרדה?
ג'ל הפרדה או ג'ל למסירה של SDS-PAGEtechnique הוא ג'ל פוליאקרילאמיד מרוכז במיוחד המונח על גבי ג'ל ערימה נמוך בריכוז. הג'ל המפריד מכיל כמות גבוהה של פוליאקרילאמיד (10%). ה-pH של ג'ל זה נשמר כ-pH=8.8, שהיא רמת pH גבוהה יותר מזו של ג'ל הערימה.
איור 02: מכשיר אלקטרופורזה של ג'ל
כאשר מולקולות החלבון מגיעות לג'ל המפריד, הנדידה של אותן מולקולות מואטת מכיוון שהג'ל המפריד הוא ג'ל בריכוז גבוה עם גודל נקבוביות קטן שיכול לשמש מחסום ניכר לתנועת מולקולות החלבון. האטה זו מאפשרת לשאר החלבונים נודדים לאט כדי להדביק את הקצב, וכתוצאה מכך נוצרת פס צר ומרוכז בין שני הג'לים.
מה הקשר בין ג'ל ג'ל להפרדה?
שני סוגי הג'ל והג'ל המפריד משמשים באותו מכשיר
מה ההבדל בין ג'ל ג'ל להפרדה?
Stacking Gel לעומת Separating Gel |
|
| Stacking gel הוא ג'ל פוליאקרילאמיד נמוך בריכוז שמונח על גבי ג'ל מרוכז יותר (ג'ל מפריד) בטכניקת SDS-PAGE. | ג'ל הפרדה או ג'ל רזולוציית של טכניקת SDS-PAGE הוא ג'ל פוליאקרילאמיד מרוכז במיוחד המונח על גבי ג'ל ערימה בריכוז נמוך. |
| מיקום | |
| ג'ל הערימה מונח על הג'ל המפריד (המפריד). | ג'ל הפרדה מונח על תחתית המיכל המשמש לאלקטרופורזה של ג'ל. |
| ריכוז | |
| ריכוז הג'ל הערימה גבוה. | ריכוז הג'ל המפריד נמוך. |
| תוכן פוליאקרילאמיד | |
| ג'ל הערימה מכיל כ-7% פוליאקרילאמיד. | ג'ל הפרדה מכיל כ-10% פוליאקרילאמיד. |
| pH | |
| ה-pH של ג'ל הערימה הוא 6.8. | ה-pH של הג'ל המפריד הוא 8.8. |
| גודל נקבים | |
| ג'ל לערום נקבוביות גדולות. | גדלי נקבוביות קטנים קיימים בג'ל המפריד. |
| Resolution | |
| ג'ל הערימה נותן רזולוציה טובה יותר. | ג'ל הפרדת נותן רזולוציה גרועה. |
סיכום – ג'ל הערימה לעומת ג'ל הפרדה
ג'ל הערמה וג'ל הפרדה הם שני סוגים של ג'לים פולי-אקרילאמיד המשמשים להפרדה טובה יותר של מולקולות חלבון בדגימה נתונה.ההבדל בין ג'ל הערימה לג'ל המפריד הוא שה-pH של ג'ל הערימה הוא 6.8 בעוד שה-pH של הג'ל המפריד הוא 8.8.
