הבדל מפתח - Exome לעומת RNA Sequencing
ריצוף חומצות גרעין היא הטכניקה שקובעת את סדר הנוקלאוטידים בפרגמנט מסוים של DNA או RNA של אורגניזם. רצף חשוב בזיהוי הרכב ה-DNA וה-RNA של התא והבחנה בין גנים מסוימים המקודדים לחלבונים פונקציונליים; לפיכך, ניתן להשתמש ברצף כדי להבין את המוטציות של גנים אלה וביטויי גנים. שיטת Sanger Sequencing או שיטות הרצף המתקדמות יותר מהדור הבא הן שיטות הרצף הנהוגות בשימוש. רצף אקסומים הוא הרצף של הסט השלם של האקסונים או אזורי ה-DNA המקודדים הקיימים באורגניזם ואילו רצף RNA הוא הליך הרצף של חומצות ריבונוקלאיות (RNA).זהו ההבדל העיקרי בין רצף אקסום ל-RNA.
מהו Exome Sequencing?
Exome היא תת-קבוצה של הגנום המורכבת מהגנים המקודדים של אורגניזם מסוים. גנים מקודדים נקראים אקסונים ומשועתקים ל-mRNA ואז מתורגמים לרצפי חומצות אמינו. במהלך שינויים לאחר שעתוק, מנגנון שחבור RNA באוקריוטים מסיר את האינטרונים (אזורים שאינם מקודדים), והאקסונים נשארים. ישנן שתי טכניקות עיקריות שבהן נעשה רצף אקסומים: מבוסס פתרון ומבוסס מערך.
ברצף אקסומים המבוסס על תמיסה, דגימות DNA מפוצלות באמצעות אנזימי הגבלה או שיטה מכנית ומופנות בחום. בטכניקה זו, בדיקות אוליגונוקלאוטידים ביוטיניליות (פיתיונות) משמשות להכלאה סלקטיבית עם אזורי יעד בגנום. חרוזי סטרפטאבידין מגנטיים משמשים לשלב הקישור. הכריכה מלווה בשלב כביסה שבו הרצפים הלא קשורים והבלתי ממוקדים נשטפים.המטרות הקשורות מוגברות לאחר מכן באמצעות תגובת שרשרת פולימראז (PCR) ולאחר מכן עוברות רצף באמצעות סנג'ר רצף או טכניקות רצף הדור הבא.
איור 01: Exome Sequencing
שיטה מבוססת מערך דומה גם לשיטה המבוססת על פתרונות, פרט לכך שקטעי DNA נקלטים במערך מיקרו, ולאחר מכן שלבי הקישור והכביסה מגיעים לפני רצף.
רצף Exome משמש ביישומים רבים כגון אבחון גנטי של מחלות, בריפוי גנטי, בזיהוי סמנים גנטיים חדשים, בחקלאות לזיהוי תכונות אגרונומיות שונות ובהליכי גידול צמחים.
מהו רצף RNA?
רצף RNA מבוסס על התעתיק, שהוא התמלילים המלאים של התא.מטרות המפתח של ריצוף RNA הן לקטלג את כל המינים של התמליל, כולל mRNA, RNA לא מקודד ו-RNA קטן, כדי לקבוע את מבנה התעתיק של גנים ולכמת את רמות הביטוי של כל תמליל במהלך הפיתוח. במהלך ריצוף RNA, טכנולוגיות הכלאה (שהיו DNA משלים שמקורו ברצפי mRNA בוגרים) שימשו תחילה לרצף. נכון להיום, נעשה שימוש בטכניקת תפוקה מדויקת יותר ומתקדמת עבור רצף RNA.
איור 02: רצף RNA
ברצף RNA, דגימה של RNA שיכולה להיות RNA מלא או RNA מפוצל מומרת ל-DNA המשלים שלו (cDNA) באמצעות שעתוק הפוך, ומוכנת ספריית cDNA. כל מקטע cDNA מחובר למתאמים משני הצדדים (רצף קצה זוג) או בצד אחד (רצף קצה בודד).רצפים מתויגים אלה מסודרים באמצעות רצף Sanger או הדור הבא, כמו רצף אקסומים.
מהם הדמיון בין רצף אקסום ל-RNA?
- ניתן להשתמש בחלקים קצרים שנבחרו או בכל הסט של ה-DNA/RNA לרצף Exome או RNA.
- קטעים ברצף נשמרים בספריות.
- ניתן להשתמש ברצף Sanger או ברצף הדור הבא.
- שתיהן הן שיטות רצף במבחנה.
- ניתן לקבוע קטעים ברצף על ידי תגי פלורסנט.
מה ההבדל בין רצף אקסום ל-RNA?
Exome לעומת RNA Sequencing |
|
| רצף אקסומים הוא רצף של הסט השלם של האקסונים או אזורי ה-DNA המקודדים הקיימים באורגניזם. | רצף RNA מתייחס להליך הרצף של חומצות ריבונוקלאיות (RNA); התעתיק. |
| דוגמאת התחלה | |
| DNA גנומי הוא הדגימה ההתחלתית של רצף האקסומים. | RNA היא דגימת ההתחלה של רצף RNA. |
| Composition | |
| זה מכיל רק אזורי קידוד של ה-DNA הכולל הידוע בשם Exons | זה מכיל RNA-mRNA / transcriptome. |
| רצף | |
| ישנן שתי שיטות עיקריות של רצף אקסומים; טכנולוגיות מבוססות פתרונות ומערך. | ריצוף RNA נעשה באמצעות הכנה של ספריית cDNA על ידי מיצוי ה-RNA הכולל או ה-RNA המפוצל. |
סיכום – Exome vs RNA Sequencing
Exome הוא הסט השלם של אזורי קידוד של אורגניזם והטכניקות הכרוכות בקביעת סדר הנוקלאוטידים המדויק של Exome ידועות כרצף אקסומים. רצף RNA היא הטכניקה המעורבת בקביעת סדר הנוקלאוטידים של ה-RNA של אורגניזם. זה ההבדל בין רצף אקסום ל-RNA.
הורד גרסת PDF של Exome vs RNA Sequencing
ניתן להוריד את גרסת ה-PDF של מאמר זה ולהשתמש בה למטרות לא מקוונות לפי הערת ציטוט. אנא הורד כאן גרסת PDF ההבדל בין רצף אקסום ל-RNA
