ההבדל העיקרי בין QTL ל-GWAS מסתמך על סוג הרצפים המשמשים בניתוח. QTL משתמשת במקומות גנים של קישור לניתוח תכונות פנוטיפיות הקשורות להורשה פוליגנית בעוד ש-GWAS משתמשת ברצפי גנום שלם כדי לנתח פולימורפיזם של נוקלאוטידים בודדים של מצב מסוים.
מפות QTL ו-GWAS ממלאות תפקיד חשוב בניתוחים הגנטיים של תכונות שונות. יתר על כן, הם חשובים בניתוח מצבי מחלה שונים עם אטיולוגיה לא ידועה. בנוסף, רצף משחק תפקיד מפתח בשתי הטכניקות. ניתן לשלב טכניקות אלו עם טכניקות אחרות עם תפוקה גבוהה להגברת הדיוק והדיוק.
מה זה QTL?
QTL קיצור של Quantitative Trait Locus. זהו אזור ב-DNA הקשור לתכונה פנוטיפית. בדרך כלל, QTL גורם להשפעות פוליגניות. התפלגות ה-QTLs משתנה, ומספר ה-QTLs מרמז על מידת השונות של תכונה פנוטיפית מסוימת. יתר על כן, הם מקודדים בדרך כלל עבור תכונות רציפות בבסיס ולא תכונות בדידות.
עם זיהוי אזורי ה-QTL, חשוב לרצף אזור QTL מסוים. יתר על כן, כדי להקל על חקירות ומחקר, ריצוף ואחסון נתוני הרצף של אזורי ה-QTL הנפוצים מתבצעים תוך מעורבות של ביואינפורמטיקה. אנו קוראים לטכניקה זו מיפוי QTL. לאחר מכן, מסד נתונים מצטבר עם רצפי אזור ה-QTL.
איור 01: סריקת QTL
יתר על כן, היישומים של רצפי QTL מסתמכים בעיקר על כלי BLAST, שבו ניתן לקבוע את דמיון הרצף. זה חשוב בהסקת יחסים בין אורגניזמים. יתר על כן, חשוב בקביעת המורכבות של פנוטיפ פוליגני מסוים. זה גם קובע את ההתפתחות של תכונה מסוימת.
כיום, ניתוח QTL משולב עם טכניקות אחרות של תפוקה גבוהה כמו מיקרו-מערכי DNA. זה חשוב בניתוח הביטוי של הפנוטיפ. נכון לעכשיו, מדענים מתעניינים מאוד בפיתוח מסד הנתונים של QTL מכיוון שאזורי QTL אחראים לתכונות חשובות רבות של מינים שונים.
מה זה GWAS?
GWAS ראשי תיבות של Genome Wide Association Study. זה מתייחס גם למחקרים הקשורים לגנום שלם. מחקרים אלו מתמקדים בעיקר במחקרי תצפית. הוא מנתח את הווריאציות הגנטיות של אנשים שונים הקשורים בדרך כלל לתכונה מסוימת. יתר על כן, הגנום כולו חשוב לניתוח GWAS.
איור 02: GWAS
GWAS הוא כלי חשוב בניתוח של פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד הקשור למצבי מחלה שונים. זהו גם מחקר השוואתי של פולימורפיזמים שונים של נוקלאוטידים בודדים על פני אוכלוסייה רחבה. בנוסף, מדגם המחקר של GWAS גבוה מאוד; לפיכך, הוא מקבל גם פורמט של מחקר עוקבה רוחב.
יתר על כן, מחקר ה-GWAS הראשון התקיים לגבי אוטם שריר הלב וניתוח הגנים הקשורים לאוטם שריר הלב. כיום, GWAS ממלא תפקיד חשוב בקביעת הרקע הגנטי של מחלות מורכבות עם אטיולוגיה לא ידועה.
מהם הדמיון בין QTL ל-GWAS?
- הם מסתמכים על נתוני רצפי DNA לצורך הניתוח.
- שניהם קשורים לרקע הגנטי של דמויות שונות.
- יתר על כן, הם דורשים כלים ביואינפורמטיקה כדי להסיק ולפרש תוצאות.
- הם נעשים על אוכלוסיות גדולות.
מה ההבדל בין QTL ל-GWAS?
QTL מנתח את התכונות הפנוטיפיות הקשורות להורשה פוליגנית באמצעות לוקוסים של גנים מקושרים בעוד ש-GWAS מנתח פולימורפיזמים נוקלאוטידים בודדים של מצב מסוים באמצעות רצפי גנום שלמים. לפיכך, זהו ההבדל העיקרי בין QTL ל- GWAS. מיפוי QTL הוא יחסית טכניקה פחות מורכבת מ-GWAS מכיוון שהוא דורש רצף גנום שלם.
האינפוגרפיקה שלהלן מסכמת את ההבדל בין QTL ו-GWAS בצורה טבלה.
סיכום – QTL לעומת GWAS
מיפוי QTL ו-GWAS ממלאים תפקיד מרכזי בקביעת הרקע הגנטי של תכונות פנוטיפיות שונות. הם גם עוזרים בניתוח הרקע הגנטי של מחלות שונות. מיפוי QTL ממפה את גני ההצמדה האחראים על תכונות רציפות, וכולל גם מיפוי של גנים תורשה פוליגניים. GWAS, לעומת זאת, מתרחש עם ניתוח הגנום כולו לפולימורפיזמים של נוקלאוטידים בודדים. בנוסף, זה מתרחש על פני אוכלוסייה גדולה יותר. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין QTL ל-GWAS.
