ההבדל העיקרי בין עגינה מולקולרית לניקוד הוא שעגינה היא טכניקה המשמשת לקביעת זיקת הקישור בין שתי מולקולות ואילו ניקוד הוא תהליך של הערכת תנוחה מסוימת על ידי ספירת מספר האינטראקציות הבין-מולקולריות החיוביות.
המונחים מולקולרי עגינה וניקוד משמשים בתחום המודלים המולקולריים. מודל מולקולרי הוא טכניקה המשמשת לקביעת הסדרים האפשריים של מולקולות שונות בחומר נתון. טכניקה זו חשובה ביצירת תרכובות יציבות חדשות.
מה זה עגינה מולקולרית?
עגינה מולקולרית היא הדמיה חישובית של ליגנד מועמד הנקשר לקולטן.שיטה זו חוזה את הכיוון המועדף של מולקולה אחת למולקולה אחרת כשהיא קשורה זו לזו ליצירת קומפלקס יציב. ניתן להשתמש בתוצאות המתקבלות מטכניקה זו כדי לחזות את עוצמת האסוציאציה או זיקת הקישור בין שתי מולקולות. כאן, גם פונקציית הניקוד המולקולרית חשובה.
איור 01: תרשים פשוט המציג את התהליך של אינטראקציות מולקולריות במערכות ביולוגיות
בדרך כלל, טכניקה זו לוקחת בחשבון את המולקולות הרלוונטיות מבחינה ביולוגית כגון חלבונים, פפטידים, חומצות גרעין, פחמימות ושומנים. מולקולות אלו חשובות מאוד, והן ממלאות תפקיד חשוב במנגנוני העברת אותות בגופנו. לכן, הכיוון של שתי המולקולות שהולכות להיקשר לתהליך העברת אותות זה משפיע על סוג האות המופק כאן.זה אומר; עגינה מולקולרית חשובה בקביעת עוצמת וסוג האות המופק במהלך העברת אותות במערכות ביולוגיות.
יתר על כן, טכניקות עגינה מולקולריות חשובות בתכנון תרופות מבוססות מבנה. זה נובע מהחיזוי שלו של קונפורמציה מחייבת של מולקולות קטנות כגון ליגנדים לאתר קישור מתאים.
מהו ניקוד מולקולרי?
ניקוד מולקולרי הוא סוג של פונקציה מתמטית ששימושית בהערכת התקדמות העגינה המולקולרית. בתחום הכימיה החישובית, פונקציות ניקוד משמשות לניבוי זיקת הקישור בין שתי מולקולות לאחר תהליך העגינה. לדוגמה, אם יש לנו מולקולה קטנה של תרופה חלקיקית ויש מטרה ביולוגית כמו חלבון, נוכל להעריך את הזיקה של התרופה לאתר הקישור. יתר על כן, ניתן להשתמש בניקוד המולקולרי כדי לחזות את האינטראקציות הבין-מולקולריות בין שני חלבונים או בין חלבון למולקולות DNA.
איור 02: פונקציית ניקוד בקצרה
היישום העיקרי של ניקוד מולקולרי הוא בתהליכי תכנון התרופות - לדוגמה, סינון וירטואלי, תכנון דה נובו, אופטימיזציה של לידים וכו'.
מה ההבדל בין עגינה מולקולרית לניקוד?
עגינה מולקולרית וניקוד חשובים במודלים מולקולריים. ההבדל העיקרי בין עגינה מולקולרית לניקוד הוא שעגינה היא טכניקה המשמשת לקביעת זיקת הקישור בין שתי מולקולות ואילו ניקוד הוא תהליך של הערכת תנוחה מסוימת על ידי ספירת מספר האינטראקציות הבין-מולקולריות החיוביות.
האינפוגרפיקה הבאה מסכמת את ההבדל בין עגינה מולקולרית לניקוד.
סיכום – עגינה מולקולרית לעומת ניקוד
עגינה מולקולרית וניקוד חשובים במודלים מולקולריים. ההבדל העיקרי בין עגינה מולקולרית לניקוד הוא שעגינה היא טכניקה המשמשת לקביעת זיקת הקישור בין שתי מולקולות ואילו ניקוד הוא תהליך של הערכת תנוחה מסוימת על ידי ספירת מספר האינטראקציות הבין-מולקולריות החיוביות.
