ההבדל העיקרי בין FASTA ל-FASTQ הוא ש-FASTA הוא פורמט מבוסס טקסט שמאחסן רק רצפי נוקלאוטידים או חלבונים, בעוד ש-FASTQ הוא פורמט מבוסס טקסט המאחסן ערכי איכות רצף וגם ערכי איכות רצף משויכים.
ביואינפורמטיקה הוא תחום העושה שימוש בתוכנות שונות כדי לנתח ולהבין נתונים ביולוגיים, במיוחד כאשר מערך הנתונים מורכב וגדול. תחום זה משלב ביולוגיה, כימיה, פיזיקה, מדעי המחשב, הנדסת מידע, מתמטיקה וסטטיסטיקה כדי לנתח ולפרש נתונים ביולוגיים. FASTA ו-FASTQ הם שני פורמטים של ייצוג רצף בתחום הביואינפורמטיקה ליישור ולניתוח רצפים.למעשה, FASTQ הוא פורמט קובץ רצף שמרחיב את פורמט ה-FASTA עם היכולת לאחסן את איכות הרצף.
מה זה FASTA?
FASTA היא תוכנת יישור לרצף DNA וחלבון. תוכנת FASTA משתמשת בפורמט FASTA. זהו פורמט מבוסס טקסט המייצג רצפי נוקלאוטידים או רצפי חומצות אמינו (חלבון). כאן, קודי אותיות בודדות מייצגים את שני הרצפים הללו. FASTA הוא כלי חשוב בתחומי הביואינפורמטיקה והביוכימיה. פורמט זה מאפשר שמות והערות של רצפים קודמים לרצפים.
איור 01: רצף FASTA
פורמט זה מקורו בתוכנת FASTA והוצג על ידי דיוויד ג'יי ליפמן וויליאם ר. פירסון בשנת 1985. לכלי FASTA היו שינויים רבים לאורך זמן, והגרסה האחרונה מורכבת מתוכנות עבור חלבון: חלבון, DNA:DNA, חלבון:DNA מתורגם (עם החלפות מסגרות) וחיפושי פפטידים מסודרים או לא מסודרים. FASTA קורא רצף נוקלאוטידים או חומצות אמינו נתון ומחפש את מסד הנתונים של הרצף המתאים באמצעות יישור רצף מקומי כדי למצוא התאמות של רצפי מסד נתונים דומים.
מה זה FASTQ?
FASTQ היא תוכנת יישור המשמשת בתחום הביואינפורמטיקה, המאחסנת גם רצף ביולוגי (בדרך כלל רצף נוקלאוטידים) וגם ציוני האיכות התואמים לו. FASTQ פותחה במקור כדי לאגד רצף בפורמט FASTA ונתוני האיכות הקשורים על ידי Wellcome Trust Sanger Institute. עם ההתפתחות בתחום הביואינפורמטיקה, FASTQ הפך לסטנדרט דה פקטו לאחסון הפלט של מכשירי רצף רבים עם תפוקה גבוהה.
פורמט FASTQ משתמש בארבע שורות שונות בכל רצף. שורה 1 מתחילה באות @ ואחריה מזהה רצף (בדומה לשורת כותרת של FASTA). שורה 2 מורכבת מאותיות רצף גולמיות. בשורה 3, הרצף מתחיל בתו '+' ואחריו אופציונלי אותו מזהה רצף.שורה 4 מקודדת את ערכי האיכות של הרצף בשורה 2 וצריכה להיות מורכבת מאותו מספר סמלים כמו אותיות ברצף.
מהם הדמיון בין FASTA ל-FASTQ?
- FASTA ו-FASTQ הם כלי יישור.
- הם שני פורמטים של ייצוג רצף.
- שניהם קשורים לתחום הביואינפורמטיקה.
- הן FAST והן FASTQ הם כלים חשובים למטרות אחסון ורצף.
- FASTQ הוא הרחבה של פורמט FASTA עם היכולת לאחסן את איכות הרצף.
מה ההבדל בין FASTA ל-FASTQ?
FASTA הוא פורמט מבוסס טקסט המאחסן רק רצפי נוקלאוטידים או חלבונים, בעוד FASTQ הוא פורמט מבוסס טקסט המאחסן גם ערכי רצף וגם ערכי איכות רצף משויכים. לפיכך, זהו ההבדל העיקרי בין FASTA ל- FASTQ. יתרה מכך, FASTA מאחסן קטעי רצף לאחר מיפוי, בעוד FASTQ מאחסן קטעי רצף לפני המיפוי.חוץ מזה, הבדל נוסף בין FASTA ל-FASTQ הוא ש-FASTA מורכב משורת תיאור אחת, ו-FASTAQ מורכבת מארבע שורות.
האינפוגרפיקה שלהלן מציגה את ההבדלים בין FASTA ו-FASTQ בצורת טבלה להשוואה זו לצד זו.
סיכום – FASTA לעומת FASTQ
ביואינפורמטיקה משתמשת בפורמטים שונים של רצפים כגון FASTA ו-FASTQ וכו'. FASTA מאחסנת קטעי רצף לאחר מיפוי בעוד FASTQ מאחסנת את קטעי הרצף לפני המיפוי. FASTA היא תוכנת יישור לרצף DNA וחלבון. הוא מורכב מתכניות עבור חלבון:חלבון, DNA:DNA, חלבון:DNA מתורגם (עם החלפות מסגרות), וחיפושי פפטידים מסודרים או לא מסודרים. FASTQ היא תוכנת יישור המשמשת בתחום הביואינפורמטיקה ומאחסנת הן רצף ביולוגי (בדרך כלל רצף נוקלאוטידים) והן ציוני האיכות התואמים לו. FASTA מורכב משורת תיאור אחת, ו-FASTQ מורכב מארבע שורות. אז זה מסכם את ההבדל בין FASTA ל- FASTQ.
