ההבדל העיקרי בין BLAST ל-FastA הוא שה-BLAST הוא כלי יישור בסיסי הזמין באתר National Center for Biotechnology Information בעוד FastA הוא כלי חיפוש דמיון הזמין באתר המכון האירופי לביואינפורמטיקה.
BLAST ו-FastA הן שתי תוכנות שנמצאות בשימוש נרחב כדי להשוות רצפים ביולוגיים של DNA, חומצות אמינו, חלבונים ונוקלאוטידים ממינים שונים ולחפש את קווי הדמיון ביניהם. האלגוריתמים הללו נכתבו תוך התחשבות במהירות. מכיוון שכאשר מדענים הצליחו לבודד DNA במעבדה באמצע שנות ה-80, זה עורר צורך להשוות ולמצוא גנים זהים להמשך מחקר במהירות גבוהה.לפיכך, שתי התוכנות הללו פותחו באופן שהמשתמש יכול לבצע חיפוש מהיר של רצפים דומים לזה של רצפי השאילתות שלו.
BLAST הוא ראשי תיבות של Basic Local Alignment Search Tool ומשתמש בגישה המקומית בהשוואה בין שני הרצפים. FastA היא תוכנה המתייחסת ל-Fast A שבה A מייצג הכל. כאן, התוכנה עובדת עם אלפבית כמו Fast A עבור רצף DNA ו-Fast P עבור חלבון. גם BLAST וגם FastA מהירים מאוד בהשוואה של כל מסד נתונים של גנום, ולכן הם רווחיים מאוד מבחינה כספית וגם בחיסכון בזמן.
מה זה BLAST?
BLAST היא אחת מתוכנות הביואינפורמטיקה הנפוצות ביותר שפותחה בשנת 1990. מאז, היא זמינה לכולם באתר NCBI. יתר על כן, כל אדם יכול לגשת לתוכנה זו ולהשתמש בה. יתר על כן, BLAST היא תוכנה שצריכה נתוני קלט או רצפים בפורמט FastA. אבל, זה נותן נתוני פלט בפורמט טקסט רגיל, HTML או XML. BLAST עובד על עיקרון של חיפוש אחר קווי דמיון מקומיים בין שני רצפים ורשימה קצרה של הרצפים הדומים, ולאחר מכן, הוא מחפש קווי דמיון שכונתיים.
איור 01: תוצאות פיצוץ
לכן, תוכנה זו מחפשת מספר גבוה של אזורים מקומיים דומים ונותנת את התוצאה בהגעה לערך סף. עם זאת, תהליך זה שונה מהתוכנה הקודמת, אשר מחפשת תחילה את כל הרצף ולאחר מכן מבצעת את ההשוואה, ולפיכך, לקחה הרבה זמן.
מלבד בדיקת הדמיון לעיל, ל-BLAST יש שימושים רבים נוספים כמו מיפוי DNA, השוואת שני גנים זהים במינים שונים, יצירת עץ פילוגנטי וכו'.
מה זה FastA?
FastA היא תוכנה ליישור רצף חלבונים. דיוויד ג'יי ליפמן וויליאם אר פירסון תיארו תוכנה זו בשנת 1985. למרות שהשימוש הראשוני בתוכנה זו היה להשוות את רצפי החלבונים בלבד, הגרסה המתוקנת שלה הצליחה להשוות גם רצפי DNA.כאן, תוכנה זו משתמשת בעקרון של מציאת הדמיון בין שני רצפים מבחינה סטטיסטית. הוא תואם רצף אחד של ה-DNA או החלבון עם רצף אחר בשיטת יישור רצף מקומי.
איור 02: FastA
עם זאת, הוא מחפש אזורים מקומיים לדמיון, אך לא את ההתאמה הטובה ביותר בין שני רצפים. מכיוון שהתוכנה הזו משווה לפעמים קווי דמיון מקומיים, היא עלולה להגיע גם לחוסר התאמה. ברצף, FastA לוקח חלק קטן המכונה k-tuples, כאשר ה-tuples יכולים להיות מ-1 עד 6 ומתאימים ל-k-tuples של הרצף האחר. בסוף תהליך ההתאמה, כאשר הוא מגיע לערך סף, הוא מייצר את התוצאה.
מהם הדמיון בין BLAST ל-FastA?
- BLAST ו-FastA הם כלים ביואינפורמטיקה המשמשים להשוואת רצפי חלבון ו-DNA לדמיון.
- כמו כן, שתי התוכניות משתמשות באסטרטגיית ניקוד כדי לבצע השוואות בין הרצפים.
- יתר על כן, שני הכלים מייצרים תוצאות מדויקות ביותר.
מה ההבדל בין BLAST ל-FastA?
BLAST הוא כלי לבדיקת הדמיון בין רצפים ביולוגיים. מצד שני, FastA היא תוכנית נוספת המאפשרת את בדיקת הדמיון של רצפי חלבון ו-DNA. עם זאת, בהשוואה ל-FastA, תוכנת BLAST פופולרית מאוד מכיוון שהיא מפיקה תוצאות מדויקות ומהירות יותר. מכאן שזה ההבדל בין BLAST ל-FastA. יתר על כן, שלא כמו FastA, תוכנית BLAST ניתנת לשינוי בהתאם לצורך של המשתמש. לכן, זהו הבדל נוסף בין BLAST ל-FastA.
האינפוגרפיקה למטה על ההבדל בין BLAST ל-FastA מספקת פרטים נוספים.
סיכום – BLAST לעומת FastA
BLAST ו-FastA הן שתי תוכנות המאפשרות למשתמש להשוות את רצף השאילתות שלו לרצפים בבסיסי הנתונים הקיימים ולבדוק את קווי הדמיון. המטרה הראשונית של FastA הייתה להשוות רק רצפי חלבון. אבל, הגרסה המעודכנת של תוכנה זו מאפשרת השוואת רצפי חלבון ו-DNA כאחד. למרות FastA היא תוכנה טובה, רוב האנשים משתמשים בכלי יישור BLAST מכיוון שהוא פופולרי יותר ומפיק תוצאות מדויקות ומהירות יותר מאשר FastA. כמו כן, כלי BLAST ניתן לשינוי בהתאם לדרישות המשתמש. בקצרה, זה מסכם את ההבדל בין BLAST ל-FastA.
