הבדל מפתח - Exome לעומת Transcriptome
גן מכיל בתוכו אזורים מקודדים ולא מקודדים. רצפי קידוד ידועים כאקסונים, ורצפים שאינם מקודדים ידועים כאינטרונים. רצף הנוקלאוטידים של האקסונים של גן מייצג את הקוד הגנטי של הגן כדי לסנתז את החלבון הספציפי. לפיכך, אקסונים נשארים במולקולת ה-mRNA. אזור האקסון הכולל של הגנום ידוע כאקסום, והוא חלק חשוב מהגנום. הקוד הגנטי של הגנים מומר לקוד הגנטי של מולקולת ה-mRNA, הדרוש לייצור חלבון. כל מולקולות ה-mRNA המתועתקות בתא או באוכלוסיית תאים בכל פעם, ידועות כ-transcriptome.ההבדל העיקרי בין אקסום ל-transcriptome הוא ש-exome מייצג את הרצפים של אזורי האקסון של הגנום בעוד ש-transcriptome מייצג את סך ה-mRNA של תא או רקמה בזמן נתון.
מה זה Exome?
גנים מורכבים מאקסונים, אינטרונים ורצפים רגולטוריים. אקסונים הם אזורי הגנים שמתועתקים לרצף mRNA במהלך התעתיק. אינטרונים ואזורים אחרים שאינם מקודדים מוסרים במהלך התעתיק. רצף הנוקלאוטידים של האקסונים קובע את הקוד הגנטי של הגן שמסנתז את החלבון הספציפי שהוא מקודד. רק אקסונים נשארים בתוך mRNA של חלבון. אוסף האקסונים בגנום ידוע כאקסום של אורגניזם. הוא מייצג חלק מהגנום שמתבטא בגנים. בבני אדם, האקסום מהווה 1% מהגנום. זהו החלק המקודד לחלבון של הגנום האנושי.
איור 01: Exome
מה זה Transcriptome?
התעתיק הוא האוסף של כל התמלילים המקודדים לחלבון ולא מקודדים (RNA) ברקמה נתונה. Transcriptome מייצג את אוסף כל מולקולות ה-mRNA המובעות על ידי הגנים בתא או ברקמה. ניתן לגוון את התעתיק של תא עם התעתיק של סוג תא אחר. התעתיק הוא גם דינמי - הוא משתנה עם הזמן בתגובה לגירויים פנימיים וחיצוניים כאחד. אפילו בתוך אותה רקמה או בתוך אותו סוג תא, התעתיק יכול להשתנות לאחר מספר דקות.
Transcriptome שונה מאקסום של אורגניזם. Transcriptome כולל רק את רצפי האקסום המובעים. למרות שהאקסום של תא נשאר זהה, התעתיק שונה בין התאים מכיוון שביטוי הגנים אינו זהה עבור כל התאים או הרקמות. רק גנים חיוניים מתבטאים בתאים ורקמות שונות.ביטוי גנים הוא תהליך ספציפי לסוג רקמה או תא. זה מוסדר על ידי גורמים שונים כולל גורמים סביבתיים. לכן, התעתיק יכול להשתנות בהתאם לתנאי הסביבה החיצוניים.
Transcriptome משמש כמבשר למחקרי פרוטאומיקה. כל החלבונים נגזרים מרצפי mRNA. שינויים תרגום יכולים לגרום לשינויים בחלבונים. עם זאת, התעתיק מספק מידע בסיסי חשוב עבור המחקרים הפרוטאומיים.
איור 02: תעתיק של תאי גזע עובריים
מה ההבדל בין Exome ל-Transcriptome?
Exome לעומת Transcriptome |
|
| Exome הוא אוסף האזורים המקודדים לחלבון של הגנים. | Transcriptome הוא האוסף של כל ה-RNA המתועתק כולל mRNA. |
| דוגמה | |
| Exome נחקר באמצעות דגימת DNA. | Transcriptome נחקר באמצעות דגימת RNA. |
| שיטת הלימוד | |
| רצף אקסום שלם הוא השיטה ללימוד אקסום. | רצף RNA היא השיטה לחקר התעתיק. |
סיכום – Exome לעומת Transcriptome
אקסונים הם הרצפים המקודדים של הגנים וקובעים את רצפי ה-mRNA של החלבונים. אוסף רצפי הקידוד הללו (אקסונים) ידוע כאקסום של אורגניזם. גנים מועתקים למולקולות mRNA לפני יצירת חלבונים. סך כל מולקולות ה-mRNA של תא או רקמה בכל זמן נתון ידועות כ-transcriptome. Transcriptome מייצג את הגנים שמתבטאים באופן פעיל לתוך mRNA בכל זמן נתון. טרנסקריפטום הוא ספציפי לתאים ולרקמות ומשפיע על תנאי הסביבה. זה ההבדל בין אקסום ל-transcriptome.
