ההבדל העיקרי בין LINEs ו-SINEs הוא ש-LINEs (אלמנטים גרעיניים ארוכים משולבים) הם סוג של רטרוטרנספוזונים שאינם LTR ארוכים יותר, בעוד ש-SINEs (אלמנטים גרעיניים קצרים משתלבים) הם סוג של רטרוטרנספוזונים שאינם LTR קצרים בהרבה.
רטרוטרנספוזונים שאינם LTR אינם מכילים חזרות ארוכות (LTR). עם זאת, הם מכילים גנים לתעתיק הפוך, חלבון קושר RNA, נוקלאז ותחום ריבונוקלאז H. רטרוטרנספוזונים שאינם LTR הם בעלי חזרות קצרות. לחזרות הללו יש סדר הפוך של בסיסים זה ליד זה. מלבד זאת, לרטרוטרנספוזונים שאינם LTR יש גם חזרות ישירות שנמצאות בטרנספוזונים של LRT.רטרוטרנספוזונים שאינם LTR מתחלקים לשתי קטגוריות כ-LINEs ו-SINEs.
מה הם LINEs?
LINEs (אלמנטים גרעיניים ארוכים המשולבים) הם רטרוטרנספוזונים ארוכים יותר שאינם LTR. הם נפוצים בגנום של אוקריוטים. בדרך כלל הם מהווים 21.1% מהגנום האנושי. אורכו של כל LINE הוא בסביבות 7000 זוגות בסיס. LINEs יכולים לתמלל ל-mRNA ולהתרגם לחלבון שיכול לתפקד כאנזים טרנסקריפטאז הפוך. תעתיק הפוך זה מייצר עותקי DNA של RNA LINEs. ניתן לשלב עותקי DNA אלה בגנום באתר חדש.
איור 01: LINEs ו-SINEs
לגנום האנושי יש רק LINE שופע אחד שנקרא LINE-1. אלמנט LINE-1 הוא באורך של כ-6000 זוגות בסיס. ישנם כ-100,000 יסודות LINE-1 קטומים בגנום האנושי.מוטציה אקראית יכולה להתרחש ב-LINEs. עקב מוטציות אקראיות, ה-LINEs יכולים להתנוון. הם כבר לא מתומללים או מתורגמים. יתר על כן, LINEs מקובצים לחמש קבוצות עיקריות כגון L1, RTE, R2, I ו-jockey. חמש הקבוצות הללו מתחלקות עוד יותר ל-28 קלידים נוספים.
LINEs מופצים בדרך כלל באמצעות מנגנון הנקרא מנגנון תעתוק לאחור של מטרה (TPRT). החדרת LINEs גורמת למחלות אנושיות כמו המופיליה A, סרטן, הפרעות מנדליות וכו'. היפומתילציה של LINEs גם מפעילה סוגים מסוימים של סרטן.
מה הם SINEs?
SINEs (יסודות גרעיניים קצרים משולבים) הם סוג של רטרוטרנספוזונים שאינם LTR קצרים בהרבה. אורכם כ-100 עד 700 זוגות בסיסים. SINEs הם גם אלמנטים של DNA שמגבירים את עצמם לאורך הגנום האוקריוטי באמצעות תוצרי ביניים של RNA. SINEs מהווים כ-13% מהגנום של היונקים. האזורים הפנימיים של SINEs מקורם ב-tRNA. זה נשאר שמור מאוד.הם נמצאים לעתים קרובות במינים רבים של חולייתנים וחסרי חוליות. ניתן לשלב את וריאציות מספר ההעתקים והמוטציות ב-SINEs כדי לבנות את הסיווג המבוסס על פילוגניה של מינים.
SINEs ניתן לקבץ לשלושה סוגים עיקריים: CORE-SINEs, V-SINEs ו-AmnSINEs. אלמנט אלו הוא ה-SINE הנפוץ ביותר בפרימטים. יתרה מכך, יש יותר מ-50 מחלות אנושיות הקשורות להחדרת SINEs. כאשר הם מוחדרים בתוך או ליד אקסונים, הם עלולים לגרום לחבור לא תקין או לשנות את מסגרת הקריאה. זה מוביל לפנוטיפים של מחלות כגון סרטן השד, סרטן המעי הגס, לוקמיה, המופיליה, סיסטיק פיברוזיס, סרטן המעי הגס, מחלת דנט, נוירופיברומטוזיס וכו'.
מה הם קווי הדמיון בין LINEs ו-SINEs?
- LINEs ו-SINE הם שני סוגים של רטרוטרנספוזונים שאינם LTR.
- לשניהם אין אזורי קצה ארוכים (LTR).
- שניהם נמצאים בעיקר באיקריוטים בלבד.
- שניהם לא אוטונומיים.
מה ההבדל בין LINEs ו-SINEs?
LINEs הם רטרוטרנספוזונים שאינם LTR ארוכים יותר, בעוד SINEs הם רטרוטרנספוזונים שאינם LTR קצרים בהרבה. אז זה ההבדל העיקרי בין LINEs ו-SINEs. יתר על כן, LINES מקודד לאנזים טרנסקריפטאז הפוך, בעוד ש-SINE אינו מקודד לאנזים הפוך. לפיכך, זהו הבדל נוסף בין LINEs ו-SINEs.
הבדלים נוספים בין LINEs ו-SINEs מפורטים להלן בצורת טבלה להשוואה זה לצד זה.
סיכום – LINEs לעומת SINEs
רטרוטרנספוזונים נמצאים בעיקר בכל האיקריוטים אך נעדרים בפרוקריוטים. כ-37% מהגנום האנושי מכיל רטרוטרנספוזונים. רטרוטרנספוזונים הם בעיקר שני סוגים: רטרוטרנספוזונים LTR ו-Non-LTR. רטרוטרנספוזונים שאינם LTR אינם מכילים חזרות ארוכות (LTR), אשר קיימות ברטרוטרנספוזונים של LTR.רטרוטרנספוזונים שאינם LTR מחולקים לשתי קטגוריות: LINEs ו-SINEs. LINEs הם רטרוטרנספוזונים שאינם LTR ארוכים יותר, בעוד SINEs הם רטרוטרנספוזונים שאינם LTR קצרים בהרבה. לפיכך, זהו סיכום ההבדל בין LINEs ו-SINEs.
